菲律宾就中国大批渔船滞留其专属经济区的立场出现缓和。菲总统发言人星期二（4月6日）表示，杜特尔特总统致力于和平解决与中国在南中国海的外交争端。在此之前，杜特尔特政府的部长和军方将领连日来对大批中国船只出现在菲专属经济区进行了强烈谴责。
菲律宾政府监督有争议地区的机构3月7日发现，在牛轭礁（Whitsun Reef）周边海域停泊了大约220艘中国船只。菲律宾政府认为这些渔船上的人员是民兵。菲律宾称此岩礁为朱利安·费利佩（Julian Felipe）。这家机构在一份声明中说，牛轭礁位于菲律宾专属经济区内，菲律宾“享有开发或保护任何资源的专属权利。”
杜特尔特的发言人罗克(Harry Roque)宣读了杜特尔特的一份声明，声明说：“我们将继续通过外交渠道与和平手段解决有关朱利安·费利佩的问题。”
也是在星期二，中国外交部发言人赵立坚称，中国渔船在中国有主权的海域捕鱼避风“合理合法”。赵立坚要菲律宾“立即停止无端炒作”，避免造成“负面影响”。
中国一直坚称，被菲律宾称为朱利安·费利佩礁的牛轭礁是中国船只寻求躲避恶劣天气的传统渔场。中国还否认那些渔船是民兵船。
一天前（4月5日），菲律宾总统杜特尔特的法律顾问谴责中国数百艘船只入侵菲律宾海域，并警告说，这个事件可能会伤害两国关系，导致“不必要的敌意”。这被认为是杜特尔特政府在南中国海问题上向北京发出的措辞最为严厉的指责。现在还不清楚，杜特尔特星期二的表态与中国外交部的回应在时间上的前后顺序。
也是在星期一，菲律宾外交部表示，如果中国拒绝撤回“公然侵犯”菲律宾主权的船只，它将每天抗议。
菲律宾国防部长洛伦扎纳4月3日和4日连续两天发声明，要中国民兵船立即全部离开菲律宾海域。他在4月3日的声明中说，尽管天气状况有所改善，但牛轭礁周边仍有44艘中国船只。“他们没有理由留在那里”。
美国支持长期盟友菲律宾的立场，并指责中国利用“海上民兵组织来恐吓、挑衅和威胁其他国家，破坏了该地区的和平与安全。”
牛轭礁位于南中国海最具争议的南沙群岛（斯普拉特利群岛）。除中国之外，越南、马来西亚、台湾和文莱等也声称对这一近海地区拥有全部或部分主权。
2016年7月，海牙国际仲裁法庭对菲律宾与中国的南中国海仲裁案作出裁决，指出中国声称拥有南中国海主权的历史证据以及所划定的“九段线”地图没有法律依据。北京方面不承认这一裁决，并在有争议的水域建造了人工岛，配备了雷达、导弹发射台和战斗机机库。
杜特尔特自2016年上任以来一直与北京发展友好关系，并因没有立即要求中国遵守国际仲裁法庭的裁决而受到批评。
他一再表示，菲律宾无力阻止中国占领南中国海的岛礁，挑战中国的行为可能会冒着战争的风险，而菲律宾可能会输掉这场战争。
