台湾新旧政权交接之际争议不断，就在马英九总统任期只剩下一个多月的时候，台湾高雄市议会与台南市议会民进党党团提案希望马英九总统能够在这个时候特赦前总统陈水扁。提案一出，立刻又引发台湾朝野争论不休。
高雄市议会议长康裕成认为，他们提这个案子，是希望在马总统卸任前，能够充分展现元首高度，民进党籍高雄市长陈菊也认为，如果马总统能够特赦陈水扁，将有助促成蓝绿和解，她个人非常赞同。此外，前行政院长谢长廷则是认为，特赦陈水扁不是法律问题，而是政治问题，政治问题就应该政治解决。如果由马总统来做，能显出马总统的肚量，也给马总统制造蓝绿和解的机会；但如果由蔡英文来做，就有人会有争议。
然而在蓝营方面，对于绿营的提案抨击不断。新北市长朱立伦与国民党籍立委王育敏都认为，法律程序还没完成，现任总统没有权力特赦。王育敏也明白表示，如果民进党真的这么想特赦阿扁，何不等蔡英文上任之后，自行用政治解决，也自行承担政治后果。副总统吴敦义也表示，陈水扁仍有许多案子还在审理中，必须依照程序走完，现在提特赦，“时机尚未成熟”。吴敦义说，“就算有人要特赦，也应将还没有了结的案处理完以后，再看当时的状况，决定是否依照宪法来实施特赦。”此外，也有蓝营人士认为，阿扁“应该先认罪，再来谈特赦。”
特赦陈水扁这个问题，到底是政治的成份比较多还是法律的成份比较多？蓝绿双方各执一词，而更吊诡的是，绿营人士此刻纷纷呼吁马英九总统在519前特赦陈水扁，却不呼吁准总统蔡英文在520后特赦陈水扁。台湾有媒体解读这个现象颇耐人寻味，让人不得不怀疑，此乃 “围魏救赵”之计，想替蔡英文解套，避免拖延到520之后，让特赦陈水扁这个烫手山芋成为蔡英文施政的一大包袱。
两岸问题专家吴汉教授在海峡论谈节目中表示，目前陈水扁已经保外就医，某种程度上已经是用政治来解决，总统是否特赦仍应回到法律层面处理。吴汉教授认为，应该先让法律程序走完，否则案情无法厘清，在厘清案情之后再由当时的执政者来特赦。吴汉教授认为，如果台湾社会对这个问题有共识，到时候由蔡英文来特赦并不是问题。
不过《民报》时事评论员郭宝胜认为，有鉴于其他国家的先例，像是韩国前总统卢泰愚和全斗焕因贪污案入狱获得特赦，马英九总统也应该行使权柄特赦陈水扁。郭宝胜呼吁马英九，应该想想“自己的后路”，否则卸任后也会被追究责任，“冤冤相报何时了”。郭宝胜指马英九自己也有很多案子，像是“马王政争”时的泄密案，还有其他经济方面的案子，因此马英九为了避免卸任后被绿营追杀，应该在卸任前释出和解的善意，尽快特赦陈水扁。
究竟陈水扁应不应该被特赦? 马英九卸任后是否会遭到政治追杀? 绿营人士赶在520蔡英文就职之前纷纷抛出特赦陈水扁的呼吁，是否实为“围魏救赵”？马英九和蔡英文又要如何接招？
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