经过一个多月来台海两岸的政治交手，因新冠肺炎疫情滞留在湖北的第二批台湾公民终于在台北时间星期三凌晨搭乘包机返回台湾。这是自2月3日第一批200多名台湾公民撤离武汉之后的第2批，过程中也引发双方的口水战。分析人士说，这个例子显示北京把对台湾施压当作最重要事项，而新冠病毒也让台湾对中国的不信任再度加深。
361位台湾公民在医护人员陪同下3月11日分别搭乘台湾的中华航空公司和中国的东方航空公司班机在当天凌成1点多和4点多返回台湾，下机后经过检疫并穿上隔离衣之后便由专车送至检疫所入住，进行14天的隔离过程。
自第一批包机带回与台湾政府名单不符的人士后，台湾方面对于第2批包机的安排一开始即提出必须符合“弱势优先”、“防疫优先”的原则，尤其在第一批包机中有人返台后确诊新冠肺炎，台北即非常坚持必须由其防疫人员到武汉做登机前的筛检，不过中国却批评台湾政府是在“政治操弄”，借故拖延台胞返乡。
《彭博社》星期二在一篇关于两岸包机争议的报道中，援引美国戴维森学院政治学者任雪丽(Shelley Rigger)的话说，撤离台湾公民遭到延误”是一个例子，显示北京决意要把台湾尽可能压制到最大程度，这对他们真的是一个最优先事项。当他们正面对这么多事情的此刻，以及他们的政府机构穷于应付的时候，他们竟然还有时间来琢磨如何让台湾不好过。”
对于两岸关于撤离武汉台人的包机争议，前美国国务院东亚事务局台湾政策办公室主任葛天豪(David Keegan)在接受美国之音采访时说，新冠病毒疫情再次“强化了所有因萨斯(SARS)所引发的不信任”。
他说，2003年台湾即不能相信中国提供的关于萨斯疫情的信息，中国当时也不允许台湾与世界卫生组织合作，如今到了2020年又发生同样的问题，这才使得台湾会有现在的反应，也因为如此“全世界各个角落对台湾从世卫组织获取信息与管道的同情和支持都在增加，因为你可以看到，现在他们有一个具体的例证显示为何这件事情是如此的重要。”
对于台北与北京之间的相互指责，目前在约翰霍普金斯大学高等国际研究院担任中国研究讲师的葛天豪说，“我的观察是，在一连串关于新冠病毒的事件中，我们几乎从来没有从中国大陆得到最新的、即时的，以及可靠的信息。所以我不会非常认真的看待他们所说的台湾在阻挠或不合作。”
曾任美国在台协会台北办事处副处长的葛天豪说，他“几乎可以确定国台办根本不知道武汉发生了什么事，直到一切都太迟”，而当他们知道以后，“我也无法相信他们有把台湾人民的最佳利益当一回事。”
中国官方《新华社》星期三发布湖北台办人员对湖北台胞搭乘临时航班返台的说法。
不具名的“湖北省台办负责人”说，这次运送台胞过程“一波三折”,东航原先的运送计划一再受到台湾方面的阻拦，一直到3月10日下午运送的人数也“一直在动态变化”，因为有一些人不希望返台后受到14天的强制隔离，也有台胞在武汉集结过程中体温检测有发热症状，还有大陆配偶未成年子女原本在台生活，但受到最近台湾的特别限制无法返台，其母亲只能留下来照顾。
这位“湖北省台办负责人”指责“台湾个别政客”此前不断为台胞返乡制造障碍，让原本单纯的运送一拖再拖延宕一个多月，如今还有700多名台胞滞留在湖北，希望台湾方面能够尽早明确这些台胞能够返乡的具体时间，让两岸航空公司能够在最短时间内再次安排共同运送。
在接回在武汉的台湾人后，蔡英文总统随后也在脸书上发文说，运送过程看来一波三折是因为“两岸双方对于防护标准的认知落差和不同作为”，但尽管如此，”最后搭乘东航的旅客，也都还是能配合疫情指挥中心的规定，穿戴我方提供的防护装备，让这项任务终于能够顺利完成。”
台湾中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中星期三在每日例行记者会上说，两岸针对包机事宜“中间当然沟通很多，最后双方其实在认知上或在做法上仍然是有一些落差在”，不过他说，由于“双方仍然是有心，所以最后在很多困难里大家还是促成这件事情。”
