2016年台湾选举除了总统外还包括立法委员选举。长期以来被一些人称为台湾社会乱象之源的立法院也面临公民团体的改革呼声，这次选举中，国会改革成为许多新成立政党的主要政见，希望能终结立法院议事不彰、朝野密室协商等被人诟病的问题。
台湾指标“封关民调”对新总统应优先处理的议题，经济与就业之后就是国会改革，这个议题的排序还在两岸关系之前。
由于台湾两大主要政党国民党和民进党长期以来的政治斗争，立法院许多重要民生法案在朝野协商机制下大约有一半无疾而终，一些立法委员与财团挂钩，这些问题让一般民众对两党产生不信任，他们对立法院议事成效不彰感到失望，这也是一些公民团体决定成立政党的原因。
美国斯坦福大学民主发展与法治中心台湾民主项目研究员祁凯立(Kharis Templeman)博士指出，马英九总统第一任时国民党在立法院拥有72%席次，第二任也有57%的多数席次，但在国民党占多数优势的情形下，马英九政府两个任期内提出的重大法案平均只有大约两成能够成功地通过立法院，这个比例和之前民进党的陈水扁执政时期，面对一个由国民党掌控的立法院时通过法案的比例相差不多。
他说：“立法院的委员会召集委员经常只是由两三个人轮流担任，有时担任召集委员的是反对党，没有像美国这种资深议员制度，所以可能下一次开会轮到民进党立委担任召集委员，他们审批的可能是被政府列为重要的优先法案，这个时候他们就可以控制法案的审批过程。而更为关键的是立法院的程序委员会主席也是轮流制，所以国民党对法案的审议没有连贯性的控制。”
除了委员会召集委员仅由少数人轮流担任的缺点外，祁凯立认为，台湾立法院有一个非常独特的运作方式，就是党团协商机制，它也是引发争议及议事成效不彰的主要原因。
他说：“它是一个最高权力的委员会，只要遇到有冲突的法案，就会被送到这个超党派委员会，叫做朝野协商或政党协商，这个委员会在院长办公室里进行秘密会议，立法院院长是王金平，由他召开会议邀集所有党团代表一起开会，但是在台湾的立法院内只要有三名立委就可以成立党团。”
正由于只要少数几人就可以决定法案是否提交委员会审议的命运，
祁凯立认为，选后如果民进党取得立法院多数，将来由谁出任院长、朝野协商机制是否还会存在都是未知数，不过如果这个机制不改变，就算总统是民进党的蔡英文，还是很可能在立法院面临相同的问题。
台湾公民监督国会联盟12月举办了一场针对国会改革的电视辩论会，包括民进党、亲民党、台联党、时代力量、民国党、绿党社民党联盟和自由台湾党都参与辩论，出席的政党提出的国会改革方案包括正副议长中立、废除程序委员会、议事公开及听证调查权的行使等。不过执政的国民党缺席没有参加，主办辩论的“公民监督国会联盟”说，它对国民党倡言改革却“躲避国会改革辩论”感到遗憾。
