南中国海仲裁结果出炉后，台湾舆论普遍对仲裁结果感到强烈不满和失望。台湾总统府7月12日晚发表的立场声明称，有关裁决严重损害台湾在南中国海的权利，绝不接受仲裁结果，仲裁对台湾不具法律约束力。
台湾总统府的声明对仲裁过程未正式邀请台湾参与，也未征求台湾意见表示不满，称仲裁结果、特别是对太平岛的认定严重损害台湾在南中国海诸岛以及相关海域的权利。
台湾表示，绝不接受仲裁结果，也主张仲裁结果对台湾不具法律约束力。声明还重申，“南海诸岛及其相关海域主权属于中华民国所有……我们绝对会捍卫国家的领土与主权，也不让任何损害我国家利益的情形发生。”
台湾外交部、内政部和行政院陆委会、国防部和海巡署等也相继发表声明，表达类似立场。
这份仲裁结果令台湾错愕不已。在此之前，台湾媒体和观察人士大多认为，仲裁结果或不会明确提到中国所主张的九段线（与台湾方面所主张的十一段线基本重合），更不会涉及台湾所占领的太平岛的地位问题。
观察人士曾认为，如果仲裁庭裁定太平岛为“礁”而非“岛”，则属于严重不公，但出现这种可能性的几率不大，并由此判断蔡英文政府可能会发表一份措辞平和而立场模糊的声明，强调南中国海争端各方要遵守国际法和联合国海洋法公约，台湾对南中国海的主张符合国际法及联合国海洋法公约，台湾应被纳入多边争端解决机制，以及各方应维护南中国海的航行与飞行自由，但避谈台湾的中华民国政府长期主张的南海十一段线或U形线，以免与中国大陆的主张重合。
台湾外交部发言人王珮玲在7月12日上午的例行记者会上仍表示，台湾政府对南中国海的领土和海洋权益的主张是一贯的，但她避免具体提及台湾对南中国海的领土和权利主张。
台湾网络媒体风传媒7月11日曾援引“知情人”的话报道：“美国与中国在南海角力，台湾是美国的一个重要‘支点’，美国不希望台湾跟中国站在同一阵线，相较于前国民党政府，新政府维护南海主权的主张及作法，将与中国作明显‘切割’。”台湾外交部北美司司长薛美瑜在记者会上承认，台湾方面一直就南中国海仲裁案保持沟通。
然而国际仲裁庭公布的南中国海仲裁结果显然出乎大多数人的意料。台湾总统府的立场声明在南中国海仲裁结果揭晓后一个多小时才公布，相信应该是总统蔡英文召开国安会商讨后的结果。声明表示台湾绝不接受仲裁结果，主张仲裁结果不对台湾有法律约束力。而值得注意的是，台湾内政部在7月12日晚发表的声明明确了台湾对南中国海的领土主张。声明的第三条称，“内政部1947年公布‘南海诸岛位置图’，即已宣示东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛及相关海域主权归属中华民国所有。”
台湾前总统马英九也在其Facebook上留言，表示“绝不接受荒谬不公的国际仲裁”。他写道，“常设国际仲裁法庭今天对南海案的仲裁案结果，认定太平岛是‘礁’不是‘岛’，我跟全体国人一样，非常错愕与愤怒。” 一些台湾网友也在社交媒体上留言，对仲裁庭将太平岛裁定为“礁”表示不满和愤怒。
南中国海仲裁结果公布后，台湾总统蔡英文本人没有亲自露面就南中国海仲裁案的结果发表看法。但据多家台湾媒体报道，蔡英文将于13日登上一艘派往南中国海执行巡逻任务的台湾海军康定级军舰，对舰上官兵发表讲话，以宣示台湾政府立场。
