由民进党总统蔡英文领导的政府将在5月20日上任。华盛顿观察人士说，新政府要面对的诸多挑战除了如何改善台湾经济、维持台海两岸关系和平稳定之外，还有一个非常棘手难解的南中国海主权问题。
在美中两国为中国在争议岛礁填海造岛、美国军舰在争议海域自由航行的问题争执不休之际，华盛顿智库卡内基和平基金会研究副总裁包道格(Douglas Paal)星期一在一个分析台湾选举结果的研讨会中透露，美国私底下一直在要求台湾政府公开国民政府当年保存的南中国海历史档案，这个档案有助于厘清中国九段线领土主张的基础。
包道格说：“蔡英文政府接下来要面对的一个问题，就是是否要公开1947年遗留下来的关于11段线的历史档案。 奥巴马政府一直在私底下要求马总统公开，但他一直都不愿意这么做。有一种期望是--我不知道这个期望有没有根据--就是如果这些档案被公开，我们或许可以看到所谓的11段线很可能只是航海所用的图表而不是领土主张。从美国的观点来说，这或许可以削弱中国的主张。”
华盛顿的史汀生中心东亚项目主任容安澜(Alan Romberg)在研讨会上表示，菲律宾向国际法庭提出的南中国海仲裁案，内容还包括了中国九段线领土主张的法律基础，但马政府和民进党都没有对这个议题明确表达过立场，只是强调台湾的领土主张符合国际法，特别是联合国海洋法公约的规范。
他说，如果国际法庭裁决太平岛不具岛屿地位，台湾政府如何回应届时将是一个重大考验。
容安澜说：“ 一个特别敏感的领域就是，如果法庭同意菲律宾的立场，从大陆架和200海里专属经济区的角度认为太平岛不是一个岛屿，这将为台湾带来一个两难的局面，因为马政府和北京都说过，不会接受这种裁决。 ”
台湾总统马英九1月28日在台湾选举后搭乘军机远赴距离台湾1600公里的太平岛访视，引发美国政府的不满和批评，认为这个做法对解决区域领土争端没有帮助，反而可能导致紧张加剧。
不过马英九说，他登岛的目的之一是要澄清太平岛的法律地位，他和美国对与南中国海争端的立场大方向一致，都希望当地和平不要有冲突。
中国外交部对马英九访问太平岛的回应称，南沙群岛自古以来就是中国领土，台湾海峡两岸的中国人都有责任保护祖先留下的财产。
