从美国最南端的佛罗里达州Key West岛到古巴的距离只有九十英里。美国和古巴两个国家之间存在着复杂的历史纠结。
哥伦布的新大陆之旅，最先到达的地方之一就包括古巴。从那时候起到1898年，古巴是西班牙的殖民地。
1898年，美国与西班牙之间爆发战争，西班牙战败，美国短期之间管理这个岛国，直至1902年古巴宣布独立。
1959年之前，古巴的独裁统治者巴蒂斯塔与美国的关系密切，被认为是美国在加勒比海地区最可靠的盟友。美国人在古巴有大量的投资，特别是著名的联合果品公司，控制了大片的土地与种植园。
1959年卡斯特罗领导的古巴革命推翻了巴蒂斯塔政权。当时，卡斯特罗尽管在意识形态上左倾，但依然对美国表示了友好的态度，并且与苏联保持距离。而艾森豪威尔政府很快就承认了古巴新政府，并且派出了驻哈瓦那的大使。卡斯特罗本人还率领代表团到美国来了一趟，并且亲自给林肯纪念堂献花圈。不过，两国关系很快走起了下坡路。
卡斯特罗在国内推动土地改革和国有化运动，大量美国人的资产被没收。美国于是对古巴实行了贸易限制，停止购买古巴的蔗糖，并且实行石油禁运。古巴转而向苏联购买石油，并且与苏联阵营越走越近。
到1960年1月，美国全面禁止了与古巴的贸易，使得古巴进一步向苏联一面倒。在这期间，大量的古巴难民逃到美国，形成了一股不小的势力。在冷战的环境下，艾森豪威尔总统下令中央情报局训练由古巴难民组成的反政府军。
1961年1月3日，美国与古巴断绝外交关系，将哈瓦那的外交人员全部撤离。4月16日，中央情报局培训的1500名古巴反政府军从关塔纳摩的美军基地出发，当晚在古巴东部的猪湾登陆。当时的计划是首先占领附近的一个机场。巩固之后，在佛罗里达州迈阿密的古巴流亡政府将来到这里，以古巴政府的名义向美国求救。这样美国就可以名正言顺地出兵了。
可是，卡斯特罗政府出动军队，给予这支部队以致命的打击。1500人中，100多人阵亡，余下的1200多人被俘。次年12月，美国政府以价值5300万美元的食品与药物交换了这批俘虏以及他们的家属。他们返回美国之后，受到肯尼迪总统与夫人的亲自欢迎。
1962年发生的古巴导弹危机，几乎引发了第三次世界大战。1962年10月，美国的侦察机飞越古巴上空时发现苏联在那里布置了导弹，其射程可以达到美国的所有重要都市，包括首都华盛顿，预警时间只有五分钟。美国的军事将领要求先发制人，立即出兵袭击古巴。肯尼迪总统没有同意出兵，而是决定对古巴海岸进行封锁。同时，肯尼迪要求苏联领导人赫鲁晓夫将导弹撤出古巴，但是遭到后者的拒绝。
在这个过程中，有几次美苏两国都处于交战的边缘。其中有一次，美国海军向苏联的核潜艇发射了一枚深水炸弹。核潜艇的指挥官以为战争爆发，决定发射核导弹。仅仅是因为潜艇上的大副坚决不同意，才避免了一次灾难。最后，经过13天的对峙与秘密讨价还价，10月28日，赫鲁晓夫同意撤走苏联的导弹，而美国也承诺不会入侵古巴。
美古关系之中很大的一个问题便是古巴难民。自从卡斯特罗掌权以来，数十万古巴人逃离到美国。仅仅是1980年的6个月中，从海上来到的难民就有125,000人。出于历史的原因，美国给予古巴难民以居民身份。
1994年，克林顿政府面对日益严重的古巴难民问题，拿出了一个折中解决方案，后来被称作“湿脚—干脚”原则。也就是说，如果船民在海上被抓住，就要被遣返；而一旦他们上了岸，美国就会收留。
1999年底的一个事件，让公众普遍地注意到了古巴难民问题。一名叫埃利昂•冈萨雷斯的6岁儿童被他的母亲带着去偷渡。母亲在途中不幸淹死了，与他母亲同行的男友将孩子带到了佛罗里达。孩子留在古巴的生父要求美国人将儿子送回去，但是其生母在美国的亲戚却要求抚养权。最后美国法庭判决抚养权归生父。2000年4月22日清晨，联邦政府派出八名持枪警员，将冈萨雷斯夺走。当时一张警员拿枪对着抱孩子的伯父的照片震动了全美国。这一事件在古巴移民中激起了极度的愤怒情绪。2000年总统大选中，佛罗里达的古巴移民社区一面倒地选票投给共和党，为小布什以五百多票之差拿下该州并入主白宫起了关键作用。
古巴移民的历史，促使他们在政治上非常活跃，也产生了美国政坛上一些重要人物。比如曾经担任众议院外交委员会主席的罗斯-雷提南（Ileana Ros-Lehtinen），就是在八岁的时候随父母从哈瓦那逃到美国的。
另外，来自佛罗里达的参议员鲁比奥（Marco Rubio）的父母也是来自古巴的移民。他有可能在2016年的大选中竞选总统。
