环保人士称，三峡大坝对于鱼类的影响也不可低估。在此之前，中国建设了万里长江第一坝——葛洲坝，阻断了中华鲟等鱼类洄游产卵的通道。三峡大坝的建设更是雪上加霜。
公共环境研究中心主任马军说：“三峡建坝之后，淹没了长达600公里范围内一系列重要的鱼类的产卵场，由此造成这些鱼苗的发生率大大的下降。三峡之上还在规划兴建10几座大型水坝在干流上，支流上有数以百计的水库。”
*生物多样性面临挑战*
中国媒体报道，由于“变江为湖”，许多适合急流生长的鱼逐渐向上游迁移，进而改变了鱼类种群的结构，使水生生物多样性面临挑战。
马军认为，数十个珍稀、特有的本地鱼种，可能会受到威胁。他说：“栖息地在大量丧失，物种数量在减少。这是一种很大的损失。”
他说，船只频繁往来对鱼类也有威胁，特别是对那些在浅水活动的鱼。
在三峡库区，记者看到，无论长江干流还是支流，一座座新建城市拔地而起。云阳、高阳、巴东、秭归、屈原、郭家坝......，记者经过的这些城镇，都是旧址被长江吞没后易地再建的。
*人口增加威胁生态*
新城少了老城的古朴，但是漂亮、整齐、现代，一些建筑还采用了具有地方特色的传统风格。不过，人口的不断增加，给三峡库区生态保护出了道难题。
以长江支流澎溪河为例，根据规划，该流域的云阳、开县两座新城2020年将发展成为50万人口的城市。然而，《东方早报》说，云阳新县城最初核定的迁建人口规模，只有65000余人。
三峡建坝前，沿江很多城镇都将污水直接排入江内。新建城市修建了污水处理厂，对减少污染物排放发挥了积极作用。但是另外一方面，马军说，过去国家投入很少的三峡库区，现在进入了正常发展阶段，上游建设了许多大型化工企业。
他说：“由于人口，包括工业这些，还在进一步的膨胀，在很大程度上抵消了减少污染的努力。所以整体上看，三峡从现在所看到的趋势来讲，还是存在着水污染形势恶化的这种可能性。”
况且，他说，污水处理厂的管网和配套设施还不完备，产生的污泥处理不好还会流入江内，造成二次污染。
*农村治理更显困难*
垃圾处理也成问题。记者在风景如画的高阳湖边，就看到有大量垃圾被倾倒在山坡上，十分碍眼，一旦下雨就会被冲入湖内。
不过，秭归县环保局副局长郝光华认为，在控制污染源方面，问题最大的不是城市，而是农村。他说：“农业上的化肥、农药，还有养殖方面(的污染)，而且这方面治理难度大一点，农民每家每户出来的东西，也不好组织实施。”
在澎溪河流域，一项调查表明，那里每年使用化肥30万吨，农药4000多吨，因水土流失带入河流中的氮、磷、钾等物质约为22.5万吨。
*后续工作规划*
中国在三峡后续工作中，将实施农村生态环境治理。比如，鼓励配方施肥，缺什么补什么，改变目前盲目的施肥方法，以减少化肥用量。
再有就是，进行生态移民，用优惠政策吸引贫困山地的农民迁移出去，从而减少库区人口和农业种植面积。
这又将是一个庞大的工程。生态移民在有些地方已经启动，有报道称，重庆市计划先期完成库区10万人左右的生态移民。
中国制定了《三峡后续工作规划》，其目标是：到2020年，库区生态明显改善，干流水质稳定保持II类标准，支流水华得到全面控制，城镇和乡镇污水处理率分别达到90%和80%以上； 库区森林覆盖率达到50%以上。
