中国批评台湾举办入联公投是变相的台独公投，台湾陆委会则警告中国大陆不要轻举妄动。学者认为两岸政府现在对入联公投正面交锋，还不会影响到3月总统选举的选情。
台湾中央选举委员会2月1号公告，将于3月22号总统大选时一并举行民进党推动的入联公投和国民党推动的返联公投。
中国大陆中台办和国台办隔天即抨击入联公投是走向台湾法理独立的重要步骤，是变相的台独公投。声明将陈水扁和台湾民众切割开来，一方面威胁陈水扁政府要为此付出沉重的代价，同时也寄希望于台湾人民，表示两岸根本利益一致，两岸问题可以通过和平协商解决，希望台湾人民了解入联公投可能带来的严重后果。
*陆委会批中国漠视台善意*
台湾陆委会对中国的声明予以反击，陆委会主委陈明通在新闻稿中批评中国大陆8年来漠视台湾释出的善意，以一个中国的前提拒绝台湾的对等协商。陈明通认为中国大陆借由批判台湾公投，制造协商的假象，误导国际视听和台湾内部发展。台湾陆委会主委陈明通还警告中国大陆要冷静面对台湾的公民投票，不要轻举妄动。
台湾陆委会分析，中国大陆现阶段对台工作的首要目标就是压制入联公投，不仅以反分裂国家法来法理化批判台湾，同时也要求台商表态，并且动用美国等国际力量对台湾施压。
*陈一新：不至于影响3月选举*
淡江大学美国研究所教授陈一新认为国台办再度批评入联公投仅是对台湾中选会公告举办公投的表态，采取的语言并不特别严厉，而且也做过评估，发表声明的时间和内容都不至于影响台湾3月的总统选举。
陈一新说：“第一距离选前还早。第二，现在是在过年前，就算民进党有批评，到了过年后也没事了。这次并没有新的语言出来，而且都还控制在一定的程度之内，应该都不会对选情造成冲击，民进党也没有拿这个来做文章嘛。”
淡江大学美国研究所教授陈一新分析，未来美国可能还会对入联公投私下表达关切，但是目前看来美国对入联公投的一再抨击似乎达成了污名化公投的效果。他说：“美国已经让公投变得有点污名化了，所以公投不会像先前那么轰轰烈烈了。”
*走向独立步骤?*
民进党推动的入联公投是主张以台湾的名义加入联合国。国民党的返联公投则是主张以中华民国的名义重新返回联合国。台湾不是联合国成员，加入国际组织时倍感困难。每年的联合国大会，台湾政府都会促请友邦提案讨论台湾加入联合国的问题。
尽管台湾政府强调入联公投仅是表达台湾民众期望加入联合国的愿望，但是中国大陆和美国都将此视为台湾走向独立的步骤。
泛蓝的新党呼吁选民在3月22号总统大选的时候拒绝领取两项公民投票的选票。新党批评入联公投是民进党为了赢得选票的选举伎俩，国民党随之起舞却变得骑虎难下。新党在1月的立委选举就率先呼吁选民拒领公投票，国民党后来也跟进。立委选举时的两项公民投票都只获得26%的支持，无法通过。这个结果使得人们相信3月的入联公投和返联公投通过的机会并不高。
