台湾明年立法委员投票的同时还将举行公民投票。由于投票的方式将影响公投结果，蓝绿双方因此争执不下。中央选举委员会决定采用民进党支持的投票方式，受到国民党抵制。民进党政府决定要严惩违法的地方官员，并且将加强与国民党的协调。
台湾法令规定，如果要让公民投票通过，必须要达到选民人数的半数以上参与，半数以上同意。在2004年总统选举的同时也举办了关于台湾军购的公民投票，当时因为参与投票的民众未达法定人数，公投无法通过。
鉴于2004年的经验，由于2008年的立法委员选举和总统选举也都将同时举办公民投票，其中包括引发争议的入联公投，民进党政府因此极力争取采用有利于公投通过的投票办法。相反的，国民党认为民进党提出的建议可能造成选务混乱，因此倾向沿用2004年的投票方式。
*一阶段投票*
台湾中央选举委员会决定采取民进党支持的一阶段投票的方式。但是这不但不是选务争议的结束，甚至还引发了新一波的蓝绿对峙。国民党主席吴伯雄宣布，在国民党执政的县市将抵制中选会的决定，自行采用国民党主张的两阶段投票。全台湾总共有23个县市，其中18个是国民党执政。吴伯雄说：“我们觉得我们站得住理，与民意符合，也站得住法的立场，我们会坚持到底。”
台湾行政院秘书长陈景峻批评国民党的做法是在造成“一国两制”。他说：“泛蓝的县市首长执意串联抵制，坚持两阶段的领投票，这样不仅会造成选务人员的困扰，也是一国两制最坏的示范。”
*政府批国民党*
面对国民党的强硬态度，台湾行政院批评国民党的做法违反选举法规，并且表示地方选务人员在面临中央地方不同调的时候，应该以中央为准，不遵照中选会规定办理的选务人员将受到惩处。
除了警告之外，中选会主委张政雄表示将发函给国民党执政的县市，加强协调，期望化解争议，但是如果国民党执意而为，坚持采取与中央不同的选务作业，中选会将裁定选举违法，甚至可能因此影响选举结果。不过目前中选会仍然将重点放在解决与国民党之间的争议，因此对于最终国民党县市的投票结果是否有效，不愿意表达意见。
张政雄说：“我们不容许有两阶段的投票流程。这违背中选会的规定，是广义的违法，所以也是办理选举违法，又变成选举有效无效的问题。是否影响选举结果?有这样的问题会发生。至于到底有效还是无效，必须要看届时的情形我们才能表达的意见。”
*国民党称不违法*
国民党发言人苏俊宾表示，选罢法规定地方选务自主，因此采取与中选会不同的选务程序并不违法。
民进党提出的一阶段投票是让选民同时领取立委和公投选票，圈选完之后投票。而国民党主张的两阶段投票则是让选民先领取立委选票，投票之后再领取公投票。国民党认为这种做法能够减少错误，确保投票的秩序。但是民进党则批评国民党借由两阶段投票来降低公投率。在2004年的选举，有民众投完总统选票之后，拒绝领票，也有人不知道要领取公投票。
在明年的立法委员选举，民进党推出追讨国民党党产的公民投票，国民党也提出声讨陈水扁贪腐的公民投票。民进党认为国民党担心党产被追讨所以企图以选务的执行方式来杯葛公民投票。国民党则批评民进党的做法会造成混乱和错误。值得注意的是，这次中选会通过的是明年立法委员选举的选务规定，至于总统选举和入联返联公投的投票方式，将参考立委选举的情形再做决定。
