台湾在野的国民党总统参选人马英九涉及的首长特别费官司一审宣判无罪之后，国民党呼吁司法单位应该建立一套统一的侦办标准，避免类似的争议再度发生。民进党则指称，此举是政治介入司法。
国民党中央政策会执行长曾永权和一些党籍立委星期四拜会了检察总长陈聪明。曾永权表示，特别费的争议如果不尽快解决，将耗损更多的司法资源，造成社会的不安。国民党呼吁应该尽速召开检察长会议，建立出一套统一的侦办标准。
国民党立委潘维刚还表示，承办检察官侯宽仁的侦查笔录被台北地院认为是断章取义，因此检方在研究是否提出上诉时应该避开侯宽仁。潘维刚说：“检察总长应该要负起整个法律见解一致性的担当，征询各方意见的时候，应该让当事人避开来做商议。”
不过，民进党的一些立法委员召开记者会批评说，马英九的特别费案宣判之后，国民党方面就不断的施压司法单位，希望检察官不要上诉，此举根本是政治介入司法。
民进党立委谢欣霓表示，国民党必须停止这种举动，还给检察官独立办案和上诉的空间。谢欣霓说：“政治介入司法到如此不堪的地步，让我们不禁担心，马英九如果不幸当选2008年的总统，我看隔天台湾就要宣布戒严了。”
民进党立委高志鹏还说，马英九特别费案一审无罪已经很荒谬了，检察官不应该畏惧压力，一定要继续的上诉。
有关马英九特别费案检方是否要上诉，检察总长陈聪明表示，检方还没有收到判决书，等收到之后会进行研究，他也会听取检方的意见，审慎处理，希望将特别费案引发的纷扰减到最低。
陈聪明还表示，虽然法院认为侯宽仁的侦查笔录是断章取义，不过也应该给予侯宽仁辩解的机会。
承办检察官侯宽仁星期四公开批评马英九及其律师利用媒体披露部份的笔录严重伤害司法公信力和司法尊严，应该要向社会大众道歉，给大家一个交代，否则他不排除追究两人的法律责任。
马英九的律师宋耀明表示，没有窜改、也没有节略相关的内容，不知道为何要道歉。马英九表示，他自己才是受害人。
