回顾2006年的两岸关系，虽然曾经由于台湾宣布终止国统会运作而出现紧张，但在两岸包机直航方面出现进展。展望2007年，综观台湾产、官、学各界，有人认为两岸应该进一步迈向三协商，有人则担心台湾的修宪会让两岸波澜再起。
2006年1月1号，台湾总统陈水扁在元旦致词中以“积极管理、有效开放”取代“积极开放、有效管理”的两岸经贸政策。陈总统说，执政者必须着眼于国家长远的发展，为可以预见的风险把关，扮演经济安全的守门人，不能够讨好或者取巧。因此“积极管理、有效开放”将是未来两岸经贸政策的新思维与新作为。
*吕秀莲：过期的食物*
2月27号，台湾总统府宣布，国家统一委员会终止运作，不再编列预算，《国家统一纲领》终止适用。总统府表示，这不涉及现状的改变，而是基于主权在民的民主原则。台湾在推动终统过程中引起美国以及中国的批评。
针对中文部记者的提问，台湾副总统吕秀莲以“过期的食物”来形容国统会以及国统纲领。她说，终统之后对两岸关系的影响只是表面上的。她说：“表面上好像造成两岸紧张，但我觉得只是口头上的表象，其他事实上，台湾人民、生意人继续到大陆，实际上没有受到影响。”
国民党立法委员苏起说，这两年可以算是两岸关系在过去6年来最平稳的，中国通过反分裂国家法之后，台湾虽然在今年推动终统，但在野党的连战以及宋楚瑜都分别访问了大陆。
他说：“(终统事件)基本上只有光、没有热，只有声音、没有真正冲击，船过水无痕，对两岸关系的冲击不大。所以总体来说，2005-2006相当平稳。”
*连战与胡锦涛再次会面*
4月14号，国民党荣誉主席连战跟中国国家主席胡锦涛再度会面。4月15号，国共两岸经贸论坛结束，中国中央国台办主任陈云林宣布十五项措施，包括大陆认可台湾高等学校学历、台湾医师可以向大陆申请执业注册以及扩大台湾农渔产品登陆等等。
政治大学中国区域经济发展暨治理论坛执行长陈德升说，台湾南部传统上是民进党的票仓，大陆今年曾经两度采购在台湾滞销的香蕉，让许多南部农民因此受惠。陈德升说：“整体来看，中国对台湾的经贸政策并没有随着台湾的政治气候变化而调整，反而更积极主动，让南部地区的产业、农民得到实质的优惠。”
国共经贸论坛之后，中国政府发布《大陆居民赴台湾地区旅游管理办法》，其中规定，大陆居民赴台旅游必须经由被指定的旅行社，以团队形式整团来回，参游人员在台湾期间必须集体活动。两岸下半年就观光进行过几次协商。
*吴钊燮：获得基本成果*
台湾大陆事务委员会主委吴钊燮说：“在选举之前两岸已经有2次技术性磋商，也获得基本成果，我们希望在2006年底之前这个政策能够完成、落实，我们的目标是希望每天至少有1000名中国人士到台湾观光。”
6月14号，台湾陆委会宣布，两岸主管部门同意先行实施四项专案包机，包括专案货运包机、节日客运包机机制化、紧急医疗包机以及急难救助与残障人士等人道包机。
吴钊燮说，未来航空公司可以直接提出申请，不需再经过协商。他说：“客运的部份，除了春节之外，另外还有清明、端午与中秋节，这些已经协商完成，以后航空公司可以直接向有关机关提出申请，这部份已经没有问题，已经非常建制化。”
新加坡海峡时报记者程翔被控间谍罪而被逮捕之后，今年8、9月间，北京市第二中级人民法院在刑事判决书中指出，程翔明知台湾的欧亚基金会为情报组织，却继续提供涉及国家情报的文字。从那之后，欧亚基金会跟大陆的学术交流因此冷却一段期间。
*赵建民：暂缓邀请大陆学术团*
欧亚基金会副执行长赵建民说：“程翔的案子直接牵涉到我们基金会。我们原来打算邀请中国大陆的学术团，因此打算暂缓，这样大概有3个团体，基金会决定暂缓到明年年初之后再说。”
展望2007年，有的人认为，两岸经贸、观光将更进一步密切交流，但是修宪议题可能带来紧张。
陆委会主委吴钊燮说，2007年陆委会的施政方针会延续以往的原则，也就是善意和解、积极合作、永久和平，推动两岸工作。除了希望在明年一开始就落实两岸开放观光，也希望明年上半年两岸在金融监理机制，避免双重课税、保障知识产权、共同打击犯罪、司法互助以及偷渡遣返等实质议题的协商能有进一步的具体结果。
身兼台湾地区电机、电子同业公会大陆经贸委员会顾问的陈德升教授说，2007年的两岸经贸交流可以参考的一个动向是，两岸三通会发展到什么程度，而民进党与国民党这两大党在政治的斗争上，政策是否走向趋统，值得关注。
*陈德升：台联泡沫化*
陈德升说：“因为看起来，这次台北、高雄市选举之后，台联泡沫化，亲民党也出现政治生态的变迁。如果没有台联的进一步反对，民进党的务实派是否会在两岸通航的议题上做出战略性的选择，稀释国民党在这方面的政策利多。”
不过，占立法院少数席次的台联党表示，除非是政府对政府的平等谈判，否则明年还是继续反对两岸三通以及扩大台商在大陆的投资。
立法院台联党团总召集人廖本烟说：“台联的两岸政策一向不变，除非中国跟台湾签订贸易保 障协定，否则不会让台商白白地去赴汤蹈火，死在那边的战场。”
另一方面，前陆委会主委、现任国民党立法委员苏起说，他担心2007年台湾计划推动修宪，很可能把两岸关系从平稳带回动荡的阶段。他说：
“2007年我们会看到民进党、陈水扁总统推动宪改的动作，就会把两岸关系弄得很紧张，把北京弄得很紧张，也会把华盛顿拖下水。所以，我想2005-6的平稳、平淡的两岸关系，可能在2007年还会重起波浪。”
