台湾最大在野党国民党主席、台北市长马英九是否可能因为首长特别费受到起诉引发国民党内部的关切。国民党立委赖士葆就指出，如果马英九一旦受到起诉，国民党一定要有一些因应之道。国民党立委朱凤芝建议，马英九也许可以以独立候选人的身份代表泛蓝参选。
台湾前立法委员朱高正星期一在报纸刊登广告，以“为天下苍生请命岸给马英九先生一封公开信”为题，要求马英九立即辞去国民党党主席的职务。朱高正认为，除了藉此给陈水扁总统压力之外，也能展现一个政党领导人应有的政治智慧。
*马英九未正面回应*
不过，国民党主席马英九并没有对此正面回应，只表示谢谢指教。有关首长特别费的案子，马英九则重申，他没有涉及贪污，也相信司法单位的调查。他说：“案子正在侦查当中，我对自己的清白很有信心，我对检调机关的公正也有同样的期待。”
事实上，国民党内一些人士没有像马英九那么乐观。国民党立委赖士葆指出，万一马英九被起诉，并退出未来的总统大选，就等于是中了反对者的计，所以国民党一定要有一些因应之道。他说：“如果(国民党)停权，按照体制，他就是暂时停权，但是现在已经有很多委员、中常委。大家都在想，什么方法，他可以名正言顺的代表泛蓝出来选2008(总统大选)。”
*独立候选人身份参选?*
国民党立委朱凤芝就建议，马英九也许可以以独立候选人的身份代表泛蓝参选。他说：“我觉得可以比照当初支持宋楚瑜或是郝龙斌那样的方式处理，也就是马英九和我们提名的一起，也就是国民党想要参选的人，和马英九一起做了民调，包括投票，民意调查。谁出线，我们就支持谁。”
国民党立法院党团书记长蔡锦隆表示，马英九的清廉受到各方肯定，因此才会传出党内同志表态即使马英九遭到起诉，也会力挺马英九参选总统的声音，这是党内同志对马英九的期待。
蔡锦隆还指出，根据可靠的情资，检察官可能在12月9号、也就是台北、高雄市长选举之前起诉马英九。国民党立委雷倩更爆料，行政院就是幕后的黑手，不过行政院长苏贞昌则予以严正否认。
*《远见》杂志公布民心指数*
高检署发言人张文政也指出，国民党立委的指控根本是子乌虚有。他说，马英九首长特别费的案子，不论是检察长或是承办检察官都没有被高层指示必须在特定时间内结案。
值得一提的是，台湾著名的《远见》杂志公布一了份台湾民心指数的调查指出。第一夫人吴淑珍受到起诉以及民进党为了陈水扁出现内讧，都导致了陈水扁和民进党的信任指数双双下挫，陈水扁总统甚至跌到30分以下，而尽管面临首长特别费核销的争议，台北市长马英九的信任程度仍然达到了58.3分。
这份调查报告表示，如果分数介于25到50分，就代表有失民心，在50到75分之间则表示尚得民心。
