台湾在野的国民党的主席、台北市长马英九近来的首长特别费争议可能会影响他参选2008年总统的资格，国民党内有人因此提议修改内规，不过此举受到民进党方面的批评。
国民党的内规规定，党员如果因为贪污罪嫌遭到起诉就应该停权，一审被判有罪就将开除党籍。对此，国民党立委蔡正元表示，马英九的特别费争议是制度性的陷阱，如果因此被起诉、停权，将丧失了代表国民党参与2008年总统大选的资格，这不符合公平原则，
*蔡正元：非常时期要有非常的做法*
蔡正元说：“应该提出一个2008年总统提名的特别条例，来针对这个内规暂时性的排除，非常时期要有非常的做法。”蔡正元还说，在党规内增列特别规定有前例可循，民进党就曾经为让当时在台北市长选举落败的陈水扁参与总统大选修改过内规。
国民党立法院党团召开记者会为马英九辩护，指出首长特别费有一半不需要单据核销，也不用记流水帐，全台湾的首长都是如此，为何对马英九的规定特别严苛？这根本是不教而杀谓之虐！蓝军立委还呼吁，朝野不要再继续打政治泥巴仗。
*民进党：堕落、无耻、没格*
针对国民党内出现为马英九修改内规的声音，民进党方面批评，国民党此举根本是堕落、无耻、没格。民进党立委认为，国民党知道马英九特别费有问题，可能被起诉，才出此下策。民进党立委王世坚说：“因人设事，不伦不类，国民党干脆说没有马英九不行，国民党干脆直接徵召马英九竞选2008年总统。”
国民党主席马英九表示，国民党内规是否修改应该由全党来决定，不过他不希望任何规定的修改是为了他个人的原因。
对于检方也将就民进党的首长展开特别费使用调查，民进党立法院党团干事长叶宜津表示，恐怕很多首长特别费使用的情形都有问题。她认为朝野应该协商制订特别法，设立制度，并考虑大赦可能出现争议的首长。
*游锡堃：该怎么办就怎么办*
民进党主席游锡堃表示，首长特别费争议应该依法处理，现在该怎么办就怎么办，未来则应该法制化。
副总统吕秀莲表示，有关特别费的问题不能有针对性，她赞成从上到下、从前任到卸任的首长都应该进行清查。
亲民党发言人李鸿钧表示，民进党立法院党团提首长特别费大赦条款，根本就是为了替他们党内想选总统的人进行解套，亲民党对此坚决反对。
