然而在纳入战犯后不久，靖国神社公开表示，国际法庭非法并残酷地判处包括东条英机在内的战犯，并试图为这些战犯翻案。此后，连日皇都再也没有踏入这个具有争议性的场所。
在邻国的抗议下，历届的日本首相对参拜靖国神社一直抱着谨慎保守的态度，但自2001年开始，日本首相小泉纯一郎连续4次参拜了靖国神社。
日本国会参议院自民党议员小林温说：“从日本文化的角度来说，靖国神社同时祭奉战犯和普通军人并无不妥。这也不影响我们在参拜的同时去体会和平的重要。”
但是日本国会参议院公明党议员远山清彦则持不同意见。他说：“要是小泉首相在清晨4点钟单独去靖国神社，说他心里想说的话，拜他想拜的人，然后开始他作为首相一天的行程，我没意见，这是宪法给他的权利。但当他代表一个官方和公众人物去那里，就是问题了。”
山下千景是位在战后出生的歌手和舞台演员。和许多战后出生的一代相同，山下千景对战争和靖国神社有她自己的看法。山下千景说：“举个例子，如果到美国的阿灵顿公墓或越战纪念碑，我可以理解。但是靖国神社的情况不同，在这里对战争的自豪感和对杀害无辜百姓的罪恶感混杂在一起，结果变成一种复杂的情结，有时难以面对。但在国际上，我们有责任去解释这种所谓特殊的情结。如果连一些年轻的政治家都说靖国神社是个特殊的地方，却又不去解释它特殊在那里，那是一个很大的问题。我对他们代表人民感到羞愧。”
