金门与厦门以及马祖与马尾实施小三通届满6周年，根据台湾移民署金门服务站统计，去年金门小三通入出境旅客人次，超过62万3千人次，为历年最高记录。与2005年的51万8千多人次比较，去年金门小三通入出境旅客人次增加10万4千多人次，增长率超过两成。
*金门小三通去年入出境人次创新高*
金门县长李炷烽接受记者访问表示，去年金门与厦门小三通旅客大增，主要是越来越多的大陆台商使用小三通航线以及小三通航班增加带来的现象。
李炷烽表示，今年3月开始，台湾的国际航线将会加强机场安全检查，陆委会应该全面开放小三通适用对象，让所有台湾民众以及海外华侨、海外旅客都可以使用小三通航线，这样金门有可能取代香港、澳门在两岸航线的中转地位。
李炷烽说，就是要配合美国的反恐政策，加强机场的安全检查，以后桃园国际机场10点的飞机7点就要到，在机场耗3个小时；但是，金门不是国际机场，从台中到金门只要一个小时，提早15分钟就可以上船、上飞机，3小时已经可以到达厦门。
李炷烽说，目前由金门水头码头搭船到厦门河平码头约40分钟，厦门正兴建新的五通码头估计今年可以落成，以后金门到五通码头的渡轮航程约20分钟，由五通码头到厦门高崎国际机场的车程约6分钟，高崎机场每星期有航机到新加坡及吉隆坡等地。李炷烽说，旅客利用小三通到厦门转乘国际航机也很方便。
*马祖与马尾去年旅客量也创新高*
另外，据连江县政府观光局及境管局马祖办事处统计，去年马祖与马尾小三通入出境总人次，超过4万5千多人次，为历年最高纪录，与2005年的3万6千多人次比较，增长率约两成。
连江县长陈雪生接受记者访问表示，去年马祖与马尾小三通旅客大增，主要由于陆委会开放小三通适用对象以及简化通关手续。
陈雪生表示，马祖、马尾的小三通与金门、厦门的小三通模式不同，因为厦门是都市地区，小三通对象是台商为主，而马尾所属的福建省连江县，是大陆第二大的水产养殖地区，马祖与马尾的小三通应该以货物运输为主。
陈雪生说，希望能够在货物的部份，尤其水产资源部份，双方能够流通更顺畅，税的部份中央能够授权地方政府，也就是一些事务性协商等等，让地方政府有充份的权力来协助到马祖投资的人士，他们在马祖设厂或者货运的海关检疫能够更方便、更顺畅。
台湾陆委会去年12月底提出小三通检讨报告，重点之一是放宽非福建地区的退休军人为金马小三通的适用对象。陆委会表示，2001年元旦起实施的金、马小三通，原本只是为边境贸易而设计，后来因为往来较省时方便，逐年检讨扩大搭乘对象，目前除设籍金马民众、金马旅台乡亲外，台商也适用小三通。
陆委会表示，截至2006年11月，经小三通往来的人次超过184万，船舶往来1万3千多航次。小三通执行6年来，因为两岸无法进行有效协商，部份瓶颈无法突破，双方人员往来以台湾到中国大陆占大部份，让小三通对金门、马祖地区的经济效益大打折扣。
