入联公投的争议，持续在台湾政坛延烧。在野的国民党批评，政府的做法已经违反行政中立。民进党方面则呼吁，在野党不要凡事为反对而反对。
*国民党：民进党政府公权党用*
国民党立委吴育升星期三指出，民进党政府推动入联公投已经到了无所不用其极的地步，不仅绿营执政的县市村里干事在发放敬老津贴时，将老人家的印章盖在空白的连署书上，财政部次长李瑞仓日前还特地召开副主管会报，公然要求财政部所属单位必需就入联公投进行连署。
国民党总统参选人马英九表示，陈水扁总统已经把入联公投，当成是政治生命的最后一击，而且做得太过火了，
“把公家的资源，国家的经费都投入，而且强迫常任文官去做他们不愿意做的事情，我觉得是很不道德的。”
针对邮局在一般信件盖上台湾入联的戳章，马英九更不满的认为，这是很荒唐的做法，因为邮局是公器，不能作为政党政治运动的工具。
*王拓：别为反对而反对*
另一方面，民进党立法院党团干事长王拓则强调，国民党执政时期，也会在民众邮件上盖上“推翻共产暴政”、“三民主义救中国”等标语，当时并没有人批评政府所宣扬的政策。
王拓认为，现在已经是民主时代，外界如果认为政府的政策不对，可以公开辩论，不应该恶言相向，凡事为反对而反对，
“我们只不过是正面的要加入联合国，保护台湾，如此而已，就被国民党骂得狗血淋头，说我们是无所不用其极，强奸民意，请各位做个公评。 ”
*亲民党拟控告*
不过，泛蓝的亲民党则认为，行政院新闻局铺天盖地推动入联公投，不仅违反行政中立原则，更浪费了人民的纳税钱，所以该党准备控告行政院长张俊雄和新闻局长谢志伟。
亲民党立委张显耀指出，台湾邮政在信封上加盖入联邮戳的行为，不但涉及违反公投法第13条，另外，根据民法第179条，民众也可以向台湾邮政进行求偿。
对此，新闻局长谢志伟则相当不以为然，他说，行政院和民进党所推动的台湾加入联合国政策，获得了大多数台湾民众的支持，他强调，不能因为立场和泛蓝推动的中华民国重返联合国不一样，就是政治不正确。
