许多人问林培瑞，为何他在六四之后多次顺利进入中国，反而在1996年被列上黑名单？林培瑞认为中共对黑名单一向讳莫如深，目的正是为了让人不知道界限在哪，进而制造恐惧。他也第一次分享了他的推测：他六四之后协助方励之寻求美国使馆帮助可能是主因，但被“惩罚”的时机与他美国科学院中国办公室主任的身份有关系。