蔡英文出席巴拿马运河扩建竣工仪式的时候，在留言簿上签名，她的落款是台湾总统，并在台湾后面附注中华民国的英文简写ＲＯＣ。蔡英文的署名在台湾掀起轩然大波，蓝营人士批评，520就职时，蔡英文宣誓就任的是中华民国的总统。结果中华民国的总统到了海外，R.O.C.只剩下刮号内的备注。北京方面也对蔡英文的签名做出回应，重申坚决反对台独，并指台湾片面改变现状， 大陆学者认为蔡英文的签名显露出台独立场，不过蔡英文本人回应说，她是台湾2300万人选出来，称自己台湾的总统并不为过，希望各界不要作出政治解读。