Diskriminasi dan kekerasan terhadap kelompok LGBTIQ tidak hanya dilakukan oleh masyarakat umum maupun negara, namun juga umat beragama. Gereja Kristen Protestan di Indonesia memiliki sikap beragam menanggapi surat pastoral Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI) mengenai kelompok LGBTIQ ini.