در حالیکه بسیاری از سازمان‌های و چهره‌های مدافع حقوق بشر اعدام سریع «محمد ثلاث» درویش گنابادی را با وجود ابهام در پرونده او محکوم کردند، رهبر جمهوری اسلامی از اجرای حکم اعدام او دفاع کرد.
آیت الله خامنه ای روز چهارشنبه ۶ تیر در جمع مسئولان قوه قضائیه، انتقادها به اعدام محمد ثلاث را ناشی از «فشار تبلیغی و رسانه‌ای دشمنان خارجی و غافلین داخلی» خواند و آن را رد کرد.
حکم اعدام محمد ثلاث، درویش گنابادی در حالی روز دوشنبه ۲۸ خرداد در زندان رجایی شهر اجرا شد که این پرونده ابهام های زیادی داشت.
دادگاه محمد ثلاث را به اتهام راندن یک اتوبوس به سمت ماموران پلیس و کشته شدن سه تن از ماموران، به اعدام محکوم کرد اما آقای ثلاث این اتهام را رد کرد و اعترافات خود پس از بازداشت را تحت تاثیر فشار و شکنجه دانست. دراویش می گویند آقای ثلاث در حالی متهم شده که چند ساعت قبل توسط پلیس دستگیر شده بود.
دستگاه قضایی جمهوری اسلامی همچنین چند روز پس از اعدام محمد ثلاث، وکیل مدافع او را که اعلام کرده بود آقای ثلاث با وجود بی‌گناهی اعدام شد، بازداشت کرد.
انتشار خبر اعدام او، واکنش‌های گسترده نهادهای حقوق بشری، دولت ایالات متحده، شخصیت های سیاسی، فعالان مدنی، و کاربران شبکه های اجتماعی را به دنبال داشت.
دولت ایالات متحده اعدام محمد ثلاث درویش گنابادی زندانی در ایران را «بی رحمانه و ناعادلانه» خواند و ضمن محکوم کردن آن، از متحدان آمریکا در سراسر جهان نیز خواست تا این اقدام حکومت ایران را محکوم کنند.
وزیر خارجه آمریکا در حساب توئیتر رسمی خود با محکومیت اعدام این درویش گنابادی نوشت: «از متحدان خود می خواهیم که در محکومیت این اعدام «بی رحمانه و ناعادلانه» به ما بپیوندند. مردم ایران مستحق احترام به حقوق بشر و آزادی هستند.سازمان عفو بین‌الملل، با انتشار این پیام توئیتر که شنیدن اعدام محمد ثلاث شوکه کننده است، نوشت که دادگاه او ناعادلانه بوده است. این سازمان در پیام‌های پیشین خود نیز خواستار تلاش ها برای جلوگیری از اعدام محمد ثلاث شده بود.»
مرکز حقوق بشر ایران نیز در چند پیام توئیتری به اجرای حکم محمد ثلاث واکنش نشان داد و نوشت که آقای ثلاث شکنجه شده و وادار به اعتراف علیه خود شده بود.
این مرکز گفته های وکیل او را بازتاب داده که گفته بود آقای ثلاث در جریان بازجویی به شدت کتک خورده و زخمی شده بود و به آنچه که در بازجویی می‌گذشته آگاه نبوده است.
