درحالی که شماری از شهروندان دوتابعیتی، کنشگران مدنی و محیط‌زیستی به اتهام جاسوسی در زندان‌های جمهوری اسلامی هستند، وبسایت دیده‌بان با مروری بر خاطرات علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی بر نقش مستقیم رهبر جمهوری اسلامی در این پرونده‌ها تاکید کرده است.
وبسایت دیده‌بان روز پنجشنبه اول تیرماه با بررسی خاطرات هاشمی رفسنجانی، رئیس وقت مجمع تشخیص مصلحت نظام جمهوری اسلامی که شش سال پیش درگذشت، به روایت اختلاف‌نظرها میان محمد خاتمی، رئیس‌جمهوری وقت، و رهبر جمهوری اسلامی درباره قتل‌های زنجیره‌ای و بازداشت ۱۳ یهودی متهم به جاسوسی برای اسرائیل پرداخته است.
برپایه این خاطرات، علی خامنه‌ای با مخالفت درباره آزادی برخی از ۱۳ متهم یهودی، دستور محمد خاتمی، رئیس‌جمهوری وقت، در این باره را لغو نموده و از دادن اختیارات به دولت و شورای‌عالی امنیت ملی برای ورود به این پرونده خودداری کرده است.
وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در سال ۱۳۷۷ پس از بازداشت ۱۳ یهودی ایرانی آنها را به جاسوسی برای اسرائیل متهم کرد.
در بازخوانی خاطرات هاشمی رفسنجانی از روز اول تیرماه ۱۳۷۸، محمد خاتمی از برخورد رهبر جمهوری اسلامی در پرونده یهودیان متهم به جاسوسی انتقاد کرده و آن را «سختگیری» دانسته است.
برپایه این خاطرات، علی خامنه‌ای با پیشنهاد علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی برای واگذاری پرونده یهودیان متهم به جاسوسی به شورای‌عالی امنیت ملی هم مخالفت کرده و معتقد بوده است که «محکم باید ایستاد.»
این در حالی است که سرانجام به حکم دادگاه ۳ نفر از متهمان این پرونده آزاد و برای ۱۰ متهم یهودی هم احکامی از ۴ تا ۱۳ سال حبس صادر شد.
نهادهای قضایی و امنیتی حکومت ایران همواره با طرح اتهام جاسوسی به بازداشت و حبس شماری از شهروندان دوتابعیتی و خارجی، فعالان محیط زیستی و کنشگران مدنی و سیاسی پرداخته‌اند.
به باور منتقدان، جمهوری اسلامی از شهروندان دوتابعیتی و خارجی زندانی به عنوان اهرم فشار بر دولت‌های خارجی بهره برده و دست آخر هم آنها را در توافقات مبادلات زندانی آزاد می‌کند.
در بخشی از خاطرات علی اکبر هاشمی رفسنجانی مربوط به اول تیرماه ۱۳۷۸ همچنین به مخالفت علی خامنه‌ای با درخواست محمد خاتمی، رئیس جمهوری وقت، برای صدور بیانیه درباره «خودکشی سعید امامی» در زندان اشاره شده است.
سعید امامی، از ماموران بلندپایه وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در دهه هفتاد شمسی و متهم اصلی در قتل‌های زنجیره‌ای دگراندیشان، در خردادماه ۱۳۷۸ به مرگ مشکوک در زندان جان باخت.
حکومت ایران دلیل مرگ سعید امامی در زندان را «خودکشی به وسیله خوردن داروی نظافت» عنوان کردند.
مخالفان جمهوری اسلامی معتقدند ماموران امنیتی برای جلوگیری از افشای حقیقت و هویت عاملان و آمران اصلی قتل‌های زنجیره‌ای سعید امامی را به قتل رساندند.
