自中国官方1月20日承认武汉新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情严重并存在人际传播以来，中共总书记习近平曾连续七天没有在央视的《新闻联播》中露面，一度引发各界广泛猜测，直到2月5日他在人民大会堂会见到访的柬埔寨首相洪森。但在那之后，习近平的各种报道和他的讲话再度高调回到各大官媒头条位置，显示新冠疫情虽然使习近平面临严峻挑战，但到目前为止这些挑战似乎未能撼动习近平在中共的绝对领导地位。
2月10日，习近平前往北京安华里社区以及地坛医院，并通过远程视频听取来自武汉的抗击疫情工作报告。这是自新冠病毒肺炎疫情爆发以来，习近平首度前往一线视察。在此之前，前往此次疫情“风暴中心”—武汉的最高级别中共官员是总理李克强。习近平本人到目前为止还没有前往过武汉。
在此次疫情应对过程中，习近平面临的最大批评之一就是反应迟缓。知名中国问题专家、加州克莱蒙特·麦肯纳学院(Claremont McKenna College)教授裴敏欣在《日经亚洲评论》(Nikkei Asia Review)上发表的评论文章说，习近平直到1月20日才做出了全力控制疫情的决定。他在危机的前两个星期没有出现在第一线，特别是他决定派国务院总理李克强前往疫情爆发的中心武汉，而不是亲自前往那里。这让人对他的领导力产生了怀疑。
2月15日，中共党刊《求是》杂志发表了习近平2月3日在中央政治局常委会关于应对新型冠状病毒肺炎疫情工作会议上的讲话全文。讲话的内容显示，习近平至少在1月初、甚至更早就已经了解到了武汉疫情的严重性，比当局公开提醒民众新型冠状病毒存在人际传播要早至少两个多星期。习近平说，“武汉新型冠状病毒肺炎疫情发生后，1月7日，我主持召开中央政治局常委会会议时，就对新型冠状病毒疫情防控工作提出了要求。1月20日，我专门就疫情防控工作作出批示，提出必须高度重视疫情，全力做好防控工作”。
这一披露并未引起中国舆论和公众的强烈反弹，与武汉疫情八位“吹哨人”李文亮医生因感染新冠病毒不幸去世在民间所引发的反响和共鸣形成了鲜明的对比。
华盛顿智库战略与国际研究中心(CSIS)费和中国项目主任裘德·布兰切特(Jude Blanchette)对纽约时报说，这篇讲话里用了很多“我”，“显然是习近平将自己置于北京对此次疫情回应的中心，同时也用回了老一套借口，把中国政治体制长期存在的弊端归咎于干部。”
就在《求是》发表习近平讲话前，习近平双双撤换了湖北省委书记和武汉市委书记。
美国普林斯顿大学政治与国际事务助理教授楚克斯(Rory Truex)对美国之音表示，北京显然是要把疫情失控的责任归咎于地方政府。他说：“我认为政府已经统一了说法，就是要为此次疫情负责的人是地方官员，而不是中央政府，也不是习近平。”
新调任湖北省委和武汉市委担任一把手的分别应勇和王忠林都是习近平的亲信。应勇在调任湖北前是上海市长，而王忠林则是济南市委书记。两人都出自政法系统。
旅居美国的政治评论员、独立学者、《中国战略分析》杂志共同主编邓聿文发表的一篇评论文章认为，习近平在这两个位子上换上自己的旧部显示他牢牢掌控着共产党的人事权。这篇发表在德国之声中文网的评论文章说，“在度过此最艰难时刻后，疫情带给习近平的政治压力随着抗疫的展开和推进得以缓解，使他能够腾出手收拾‘乱局’，作出一系列巩固权力的部署，至少在2月3日第二次政治局常务会前后，他重新掌控了大局”。
普林斯顿大学教授楚克斯在《大西洋》月刊(The Atlantic)上发表的“中国的切尔诺贝利或许永远不会出现”的评论文章说，共产党早有一个明晰的剧本来处理各类致命危机，而第一步就是把责任归咎到地方官员头上。
现在看来，习近平的危机已暂时得到了解除。上个周末，中共在北京召开“新冠肺炎疫情防控和经济社会发展工作部署会议”，不仅中央政治局常委和委员全数出席，还有总计17万各级官员干部通过视频参加了会议，规模前所未见。习近平在会议上说，党中央对疫情判断准确，工作部署及时，采取措施有效。这再次显示习近平对权力和局势的牢牢掌控。
独立政治评论员邓聿文认为，虽然新冠病毒疫情是习近平上台以来面临的最大危机，但疫情并未产生足够的杀伤力，“党内高层特别是习的反对者不敢和不能有效利用社会不满，呼应反习声音，向习发难，可谓党内无一人是男儿。”
复旦大学中国研究院研究员宋鲁郑2月25日在美国之音《时事大家谈》节目上表示，在习近平定于一尊的情况下，中共党内权力斗争已无可能。“以修宪为标志，党内不可能再有人发起权力斗争，”他说，“体制内和体制外肯定有问责的声音……但问责不会指向中央，毕竟疫情出现在地方。民众的矛头也是指向了地方的官员。”不过宋鲁郑也承认，在中国的体制下，地方上出现任何问题，最后埋单的还是中央。
加州克莱蒙特·麦肯纳学院的裴敏欣认为，即便是习近平在党内没有明确的挑战者，但自2019年以来一系列的坏消息也对他谋求第三个任期不利。这包括围绕美中贸易战所导致的美中关系恶化，香港的“反送中”运动和新冠病毒肺炎疫情。他写道，在2022年秋季中共二十大召开之前，习需要他所能得到的所有好消息来为延长他的任期提供强有力的理由。但新冠病毒疫情的爆发让他更难做到这一点。拿地方官员当替罪羊不会平息民众的愤怒。
普林斯顿大学教授楚克斯对美国之音表示，习近平或许能够安然度过此次危机，但他的一尊地位和强势作风已为下一次的危机埋下伏笔。“习近平管理中国的方法加剧了新冠病毒疫情这类的危机，” 他说，“我认为对问题的不当处理，我们在习近平时代看到的‘是，长官’政治，没有人愿意报告坏消息，也没有人愿意质疑国家的方向。在公共卫生危机发生时，这些不是你所需要的。”
