“魏则西事件”后，中国当局成立了两个调查小组，分别进驻网络巨头百度与武警北京市总队第二医院（简称武警二院）。
5月9日，国家网信办联合调查组公布了进驻百度公司的调查结果，指出百度搜索竞价排名机制的漏洞影响了魏则西选择就医，以及该机制存在付费竞价权重过高、商业推广标识不清等问题，必须立即整改。整改令公布后，百度在美国纳斯达克的股价一度重挫7.1%以上。
调查组对百度提出三项整改要求，包括立即全面清理整顿医疗类商业推广服务，改变竞价排名机制，以及建立完善的先行赔付等网民权益保障机制。
国家网信办主管的中国网信网报道，百度旗下的百度搜索公司总裁向海龙表示，百度将坚决拥护调查组的整改要求。向海龙说：“我们着眼的绝不仅仅是每天处理的海量信息，而更应该将每次点击是为一次托付和信赖。百度将以这次事件为契机，全面落实整改要求。”
百度表示，将改变过去以价格为主的排序机制，改为以信誉度为主，价格为辅的排序机制，并增设１０亿元保障基金，赔偿网民因使用商业推广信息而遭遇假冒、欺诈的损失。此外，百度将对商业推广信息进行醒目标示，且每页面条数所占比例不超过３０％。
百度还表示，调查期间已重新审核网上全部医疗类机构，并对1.26亿条推广信息实现了下线处理。百度将于5月31日前落实整改要求。
与此同时，由国家卫生计生委、中央军委后勤保障部卫生局、武警部队后勤部卫生局组成的调查小组公布了进驻武警二院的调查结果。据新华社报道，调查指出武警二院存在科室违规合作、发布虚假信息和医疗广告误导患者等问题，要求立即整改。
整改令要求武警二院立即终止与上海柯莱逊生物技术有限公司的合作，整治涉及该院的虚假信息和医疗广告，依据规定处分涉事医务人员，并开展依法执业宣传教育，加强医院内部管理。
涉事医师李志亮（魏则西主治医生）等人的执照被调销，并移交司法处理。武警二院已于5月4日起全面停业。
就在武警二院停业整顿之前，中国军事网（5月2日）还发表文章称，魏则西患罕见病症离世，“或许总归不可避免”，不能允许舆论的矛头指向“部队医院”。人民日报则发表文章称，医者没有起死回生之力，绝症患者应“放弃不切实际的幻想，坦然地面对生与死”
西安电子科技大学学生魏则西生前罹患罕见癌症滑膜肉瘤，在手术和化疗均无效的情况下，他通过百度搜索找到排名靠前的武警二院，进行四次生物免疫疗法后不治身亡，年仅22岁。他去世前在网上公布了百度“竞价排名”，引发舆论哗然。
