山东黑疫苗案还在持续发酵，而新一轮的网络舆论管控已经开始。从最早爆出黑疫苗案的澎湃新闻，到微博微信等社交媒体，无一逃过网管的严密监控。
3月18日上午，澎湃新闻发表题为《数亿元疫苗未冷藏流入18省份：或影响人命，山东广发协查函》的文章，率先踢爆黑疫苗案。而截至22日，该文章已从澎湃官网被删除，只能通过“网页快照”的形式访问。
18日下午，澎湃新闻转发《健康报》微信公众号“健康报新闻频道”发布的《网曝疫苗大案，听听权威专家怎么说》一文，其中引述预防免疫专家称：“此案曝光后公众不必过度恐慌，更不必担心国家统一分配发放的一类疫苗的质量和安全；如有接种二类疫苗的需求，则应尽量选择有资质保证的正规接种单位。”《健康报》是国家卫生和计划生育委员会主管的媒体。
然而网友对这样的解释并不买账，新浪微博用户“达不是石头”说：“疫苗事件真的令人寒心震惊，不论一类二类，我们选择打疫苗就是希望宝宝能得到保护，如果疫苗是无效的那意义何在？更何况连救命疫苗诸如狂犬病疫苗都存在无效的，真的就是谋财害命了。”
“爱小尾巴的英短猫窝”说：“本来关于非法疫苗是又气又难过，现在看了一些洗白觉得很可笑… 不断的有人说这批疫苗是二类自费疫苗，是失效疫苗不是假疫苗，所以不会造成伤害，顶多无效！因为这样，所以就没必要查清真相，没必要负责，没必要惶恐了？我真是呵呵哒！疫苗注射为了什么？为了防病！那么疫苗失效了是不是就不能防病？打个比方有人注射了失效的狂犬疫苗，得了狂犬病，谁负这个责任？还有既然无效了，我花钱注射疫苗干嘛。谁给我们退钱？… 按这个逻辑，杀人未遂抢劫未遂都是不犯罪咯！”
18日晚上，澎湃新闻又发布了一篇题为《山东疫苗案嫌犯在疫苗圈里“颇有威望”，人称“庞姐、庞姨”》的报道，其中提到犯罪嫌疑人庞某卫曾是山东菏泽市牡丹人民医院一名药剂师，还曾在菏泽市经营防疫门诊，“凭借当初在医院任药剂师、以及参加一些药品交流会等积累人脉，甚至与一些药企‘一把手’关系甚密”。这篇谈到庞的上线、下线等细节的文章也没有逃过网管的眼睛，截至22日亦无法访问。
另外，澎湃新闻的第一篇报道中提到3月11日澎湃就已经从山东省济南市公安局食品药品与环境犯罪侦查支队获得了庞某卫母女被移送检察机关起诉的消息，3月15日，济南市食药监局又有负责人向澎湃新闻表示“已向全国20个地级市发出协查函”，然而澎湃新闻最早的报道却出现在3月18日，是否为了回避“两会”这个敏感节点，不得而知。
然而，澎湃踢爆黑疫苗的文章一经发布，就被包括新华网、新浪、搜狐、财经、网易等主流媒体转发，财新记者郭现中在2013年拍摄的一组关于疫苗问题的深度报道《疫苗之殇》也刷爆微信朋友圈，疫苗问题再度成为人们关注的焦点。
许多明星也在微博上发声，孙俪转发了几张官媒发布的图片，说：“保护好自己的家人和孩子！”贾乃亮甚至爆粗口：“有没有人关心疫苗问题？？五亿元无效疫苗流去哪了？疫苗都给那些孩子打了？还有多少留在医院里？必须查的清清楚楚！！！造假疫苗的，我真想拿雷连劈你十年！真想骂你祖宗！”
目前“非法疫苗”在微博实时热搜榜上排第二名，有44万搜索量。不过，不知是因为搜索量太大导致服务器故障，还是因为网管在“断断续续”上岗，记者在北京时间22日晚9点30分时试图搜过“非法疫苗”，微博显示“抱歉，未找到‘非法疫苗相关结果’。”
还有一些微博，因为问题或内容尖锐而遭到网管屏蔽：
施力勤：坚决拥护共产党，建议中共中央顺应民意和法制杀了所有涉案官员和这300涉案人员，没收其全部财产。否则什么梦、24字、12345都是垃圾桶里的废纸！中国共产党万岁！#疫苗之殇
清华池一级搓澡工：这次疫苗事件堪比苏联切尔诺贝利。看到那群傻X还在歌颂包子，真恨不得一头撞死算了。猪族！不可救药！
非胖子：平时微博天涯等各大论坛讨论政治的时候，总有些人冷嘲热讽。现在疫苗危机爆发了，危及到自己的切身利益了，才知道出来声援和抗议，早干嘛去了。这一切也都是你们的冷漠和漠不关心，造成了他们的肆意妄为。ps：卫生局、食药监局，这两个负主责任。
钢铁侠：触目惊心，出离愤怒。如果不是5.7亿假疫苗震惊全国，恐怕好多人都不会知道恐惧噩梦距离自己有多近，恐怕好多人都不会相信一家地级市的正规妇幼医院会给你的孩子打毒针。疫苗的真假是一个民族最后的良知底线，可看看这些图片，与假药贩子内外勾结的相关人员以及不作为的监管部门，你们的底线到底在哪？
