台湾行政院农委会主委陈保基11月19日证实，《台菲有关促进渔业事务执法合作协定》经过两年半谈判后，已于两周前签订。
根据台湾外交部所发布的新闻稿指出，11月5日台湾驻菲律宾代表处林松焕代表，及马尼拉经济文化办事处（MECO）代表白熙礼（Antonio Basilio）在台北签署了《台菲有关促进渔业事务执法合作协定》，双方渔政机关主管及马尼拉经济文化办事处理事长培瑞茲（Amadeo R. Perez, Jr.）均在场见证。
台菲双方签署的协定达成三项共识：避免使用暴力或不必要暴力、建立紧急通报系统，及建立迅速释放机制。在签署协定后，双方随即依据协定第六条规定，于11月5日召开第一次技术工作小组（Technical Working Group, TWG）会议，将“一小时前通报机制”及“三日内迅速释放机制”等共识之具体执行方式以换函采认并纳入协定规范。
陈保基表示，菲律宾方面为了避免在主办APEC期间引发其他争议，因此双方达成协议延后宣布协议的签订。根据台湾中央社报道，菲方官员透露，签署后两周才宣布是因为菲律宾对中国大陆的压力以及国内政治环境考量。
不过，台菲双方在“邻接区”问题上尚存在争议，因此这部分暂时搁置，待明年上半年预订召开的技术工作小组会议中继续协商。
*临接区争议
菲律宾依照1958年的联合国海洋公约，主张从领海基线往外推算12至24海里为“邻接区”（或称之为毗邻区），并声称在邻接区内不能捕鱼，菲方可以登上台方船只进行检验。
台湾方面依据国际法及各国经济海域划定通则，指出当地国只能管辖邻接区范围内的财政、关税、移民与卫生业务，无其他事务管辖权。
由于菲方所认定的邻接区与台方主张的经济海域（领海基线往外推算12到188海里，经济海域区内可捕鱼）重叠，双方无法达成共识，故这次台菲签署的协定无涉划界，有关问题先暂时搁置。
台湾政府表示，目前台湾仍依照200海里经济海域原则，主张台湾渔船有权在经济海域进行捕捞，不会接受菲律宾对邻接区的定义。
台湾外交部的新闻稿提到，台菲双方2013年爆发“广大兴28号渔船”事件后，随即展开3次渔业会谈及多次非正式协商，盼建立有关执法规范，有效解决台菲之间的渔业纠纷，并强调此合作协定符合马英九总统提出的“南海和平倡议”所主张“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”之精神与原则。
2013年5月9日，屏东琉球籍渔船广大兴28号在台菲重叠经济海域作业时，遭菲律宾海巡公务船开枪扫射，台湾渔民洪石成遭射杀身亡，在当时台湾社会引发极大愤怒。
