台湾一向是美中之间的敏感话题，在习近平访美之际，美国智库关注台湾总统选举与美国的立场。有学者担忧，以习近平的强人作风而言，一旦不接受“九二共识”与“一个中国”原则的民进党参选人蔡英文在2016年选举中胜出，台海可能紧张再起，进而影响到美国的安全利益。
华盛顿两大知名智库--战略与国际研究中心及布鲁金斯学会，9月14日针对2016年台湾选举与美国的关系举行研讨会，多位美国和台湾学者对台湾总统、立委选举的发展对台海两岸关系的影响提出分析和看法。
前美国白宫国安会官员，目前是战略与国际研究中心副总裁的格林(Michael Green)说，中国今天的军事实力已经比当年台海危机时强大许多，如果蔡英文胜选，北京不是不可能不用武力胁迫手段对她的新政府施压，中国在南中国海的强势作为就是一个警讯。
不过华盛顿智库史汀生中心亚洲项目主任容安澜(Alan Romberg)表示，如果台湾下一任政府不接受中国的“一中”原则，那么在两岸关系的发展上势必有后果要承受，不过他不认为情况会严重到发生将美国卷进一个安全危机的程度。容安澜说：
“在我看来，中国在南中国海的作为到目前为止还没有达到引发美国直接采取军事介入的程度。尽管我们对台湾没有正式的防卫保证，不过如果对台湾作出军事胁迫，那将是一个非常不同的情况，我不认为北京有兴趣测试这个做法。”
台湾政治学者对于蔡英文胜选后两岸关系的变化看法不同。曾任马英九政府国安会副秘书长的学者何思因说，如果蔡英文胜选，习近平不会继续对台施惠，北京当局或不至立即做出剧烈举动，但势必会锁紧对台政策螺丝，不给蔡英文空间，两岸关系将从目前的温和平变成冷和平，甚至倒退到一种冷战关系。何思因说：
“大陆对台湾做任何事情对台湾国内政治都会有影响，对台湾国内有影响的话蔡英文也会有反应，这就会变得来来去去的负面循环，这样的情况就会大大不妙。”
不过曾任陈水扁政府陆委会副主委，目前是伯克利加州大学访问学者的台湾政大教授童振源，从以往北京在历次台湾选举后作出的政策调整表示，中国在选前对蔡英文强力施压，要她接受“九二共识”与“一个中国”原则，不过他认为一旦蔡英文胜出，北京对台湾的做法会有不同。童振源说：
“明年一月选完后到5月20日之前的4个月期间，要看台湾、美国和大陆之间是否能协调出一个默契出来，我觉得这是有可能性的，因为过去大陆有过这样做，我们也看到8月份的双城论坛，大陆的立场也做了一些调整，比较务实一些，所以我们也希望看到两岸的稳定发展。”
战略与国际研究中心的格林也在会中，以他在小布什总统任内处理美国与陈水扁政府之间各种问题的经验，对美国与台湾如何在选举前这段时间加强彼此的对话分别提出“3不”建议，对台北的3不建议包括：不给美国意外、不单方面改变现状，以及不在安全防卫上搭美国便车；对华盛顿的3不建议则是：不在选举中选边、不逼迫台湾总统参选人采取特定立场，例如强迫蔡英文接受“九二共识”，以及不违反美国对台湾的六项保证，例如不要和北京协商有关对台湾选举的立场。
另外，针对习近平访美，美中两国是否可能签署新公报的问题，布鲁金斯学会东亚研究中心主任卜睿哲说，签署新公报的几率是“零”，因为目前美中关系的现状不存在签署公报的条件。史汀生中心的容安澜也认为，奥巴马与习近平不会签第四公报，因为美中之间不可能有新公报内容不涉及台湾，而那对美国并没有好处。
