台湾外交部说，它“无法理解及接受”美国2个政府官网将原有的中华民国国旗移除，并已就此向美方表达台湾的“严正关切”。
台湾媒体报道，美国国务院官网领事事务局(Bureau of Consular Affairs)及美国贸易代表办公室(USTR)官网上，原本在“国家与地区”栏目下的台湾网页上都有青天白日满地红的中华民国国旗图案，但最近这2个网页原有的国旗图样却已消失不见，造访美国国务院领务局官网只看到原来在“台湾”字样旁边的旗帜图案位置，只有一个四方形的空白框，网页显示最后一次更新日期是去年12月21日。
美国贸易代表办公室网站的台湾网页，被列在“中国、蒙古与台湾”栏目下，这个栏目下又细分为中华人民共和国、香港、澳门、蒙古、台湾5个细目，除了台湾只有文字描述而没有代表图样外，其他4个细目都有国旗或代表旗帜的图案。
不过在美国贸易代表办公室官网上，点击“国家与地区”栏目后出现的互动式世界地图上，点击台湾地图的位置出现2013年美台贸易统计数据，这个小框框内仍然看得到中华民国国旗。
《中央社》报道，台湾外交部发言人李宪章说，外交部自去年9月美国国务院官网介绍台湾的页面不见中华民国国旗后，即就此事与美国政府沟通，过程中美方多次强调美台关系坚实友好，并保证美国对台政策没有改变，不过台湾方面认为此类事件将影响台湾民众“对当前台美关系现况的认知”，对美国政府的做法“不仅无法理解及接受”也感到失望。
李宪章说，外交部已向美方表达台湾的严正关切，近年来中国利用其“锐实力”在国际组织内限缩台湾国际空间，并在原应属于自由开放的互联网领域打压台湾，“完全无助于两岸关系的发展。”
美国国务院东亚事务局发言人格蕾丝·崔(Grace Choi)星期三在回覆美国之音的电邮中表示，美国对台政策没有改变。美国“仍然保证遵守以3个联合公报及《台湾关系法》为基础的一个中国政策”。
针对美国官网移除中华民国国旗一事，台湾驻美代表处一位资深官员说，已透过多元管道“向美方表达严正立场并要求尽速改善”。
这位官员表示，台美关系维持强劲、稳健进展，双方的定期与不定期咨商 “各种管道畅通无碍”，台湾最近加入美国的“全球入境计划”(Global Entry)及美台《全球合作及训练架构》(GCTF)都是双方提升合作层次、扩大互惠领域的具体成果，而美国最近发布的国家安全战略重申《台湾关系法》的承诺也是一个明证。
这名资深官员也举出实例，显示美台沟通管道畅通，对台湾关切的问题美方也会做出迅速回应，例如最近北京单方面启用台海中线M503北上航路，影响到飞航安全及区域形势，美方即时表态，对台湾参与世界卫生组织美国也持续给予协助；针对美国政府网站移除中华民国国旗，以及一些跨国企业因中国施压修改网页等，台湾驻美代表高硕泰也在第一时间向美方表达立场，美方也都迅速回应，彼此沟通无碍。
不过这位官员说，美台之间“基于长期默契及若干议题的机敏性质”，对于咨商过程与内容、交涉对象与层级都不便公开透露。
