台湾行政院对中国大陆迄今尚仍未向台湾或家属通报有关失联的李明哲的具体情况，表示高度遗憾，呼吁大陆方面尽快安排家属探视及律师会见，维护李明哲的正当权益。
行政院发言人徐国勇星期四在院会后的记者会上表示了对失联12天的非政府组织工作者李明哲被中国当局关押的关注。
徐国勇说：“我们行政院要必须表示，这段期间以来，经过我们的政府以及民间不断的对中国大陆提出要求，但中国大陆方面到现在为止对我方的家属或我方的政府没有进行任何通报，也没有对李明哲先生失联事件提出具体说明，政府在这要表达高度遗憾。”
星期三早些时候，中国国台办发言人马晓光说，台湾居民李明哲因涉嫌从事危害国家安全活动，已接受有关部门调查。马晓光说，对李明哲的调查依司法程序在处理。
在中国官方证实李明哲被中国当局关押之后，李明哲的妻子和民间团体在台湾立法院举行了回应中国国台办的记者会。
李明哲的妻子李净瑜表示，他丈夫作为一个人权工作者，透过网络跟中国民间人士分享台湾的民主经验。她说，一个合法入境中国的台湾人不应该被任意拘禁9天，却不通知家属，或有律师协助。
李净瑜说：“我非常清楚地知道，李明哲目前所面临的煎熬。台湾曾走过白色恐怖的威权历史，我们有过伤痛，请中国政府不要再唤起台湾人民对伤痕历史记忆的痛楚。”
李净瑜和民间团体的声明要求中国政府，立即公开李明哲的关押地点；按照国际人权标准对其进行公证审判；立即释放李明哲；确保李明哲不受酷刑虐待；要求家属和律师会见并给予适当医疗照顾。
台湾行政院发言人徐国勇说，台湾社会高度关注本案的发展及是否受到公正处理。他呼吁中国大陆具体回应台湾方面及家属的诉求，维护李明哲的正当权益，迅速与台湾方面沟通。
徐国勇还强调，自从李明哲本月19日失联后，台湾政府就通过各种管道积极联系协助寻找，并掌握相关的讯息。他说，当局的各项协助处理都以李明哲的人身安危及权益为最优先考量，没有外界所说的“不积极的问题”。
中国2017年1月1日开始正式实施《境外非政府组织管理法》。根据第四十七条的规定，任何涉嫌“危害国家安全，颠覆政权，分裂国家，破坏国家统一”的非政府组织活动，将被要求停止或驱逐出境。非政府组织人员在被当局认定“尚不构成犯罪”的情况下，最多可以被拘留15天，境外人士可以被驱逐出境。
今年42岁的台北文山社区大学员工李明哲今年3月19日，从台北乘飞机经澳门进入中国大陆。此后便与家人失去联系。在李明哲失踪11天后，中国官方终于出面证实李明哲已经在大陆被关押，接受调查。
