台湾对中国在两岸交往上不利用沟通机制、擅自决定从9月21日开始实施卡式台胞证表示不满，说希望中国大陆方面不要做出伤害台湾人民感情的事。
台湾行政院长毛治国星期一在立法院接受质询时，对中国大陆在处理台胞证的问题上，事先与台湾有关部门沟通不够，表示非常不满，强调大陆方面不要做出伤害台湾人民感情的事情。
毛治国说，台湾方面坚持不管台胞证件是哪种形式，其中的内容只能是现在台胞证上的内容，也只能作为旅行证件。他说，将持续要求大陆方面尽快回应台湾的意见。
台湾陆委会星期一也就大陆实施新版“台湾居民来往大陆通行证”（简称卡式证件）的事宜发新闻稿说，大陆单方面的做法欠缺有效沟通，做法上不尊重台湾方面，伤害台湾民众的感情，对此台湾方面已经多次表达不满。
中国公安部9月15日发布公告，决定从9月21日起开始启用2015年版“台湾居民来往大陆通行证”（简称电子台胞证），并同时停止签发现行本式台胞证。该电子台胞证有效期为5年。中国方面称，启用电子台胞证是进一步便利台湾居民来往大陆以及在大陆居留、生活。此前，中国福建省已经试点签发电子台胞证，迄今签发数量超过20万张。
不过，台湾陆委会说，这个基于便利长期在大陆就学和工作的台生和台商的卡式证件，由于全面性扩及于所有台湾民众，导致一般民众产生大陆方面是否有藉机收集个人咨询、指纹等隐私资料或监控个人行踪等方面的疑虑。陆委会促请大陆方面尽快澄清卡式证件唯一用途为旅行证件，以化解外界的疑虑。
陆委会发言人吴美红说：“（我们）也再次呼吁陆方，有关两岸人民往来重大措施之调整，应透过两岸制度化的联系机制，强化事先的沟通。未来政府也将继续关注及了解陆方后续的具体执行细节，以保障国人权益。”
陆委会强调，台湾依据中华民国宪法主张的两岸关系定位，以及维持现状的民意趋势与政策立场的同时，希望大陆积极正视中华民国存在的现实。
