2016年7月，一个国际仲裁庭针对南中国海主权争端作出了对台湾不利的判决。台湾渔业界一些人称海上作业因此受到了影响，并批评蔡英文政府领导下的海巡署在保护渔权方面太软弱。但是海巡署和其他政府高级官员们对此不以为然。
太平岛不是岛？
民进党籍的蔡英文2016年5月就任台湾新总统。两个月后，在海牙的一个国际仲裁庭针对菲律宾与中国的南中国海争端作出裁决，并裁定斯普拉特利群岛最大一块自然陆地、目前由台湾控制的太平岛不是岛，而是礁，因此它不享有200海里经济海域。
台湾南部屏东县琉球乡渔会的渔业辅导股长曾毓宗还记得当时渔民们听到这项裁决后的第一反应。
曾毓宗：“ 对呀，我们这边的渔民听到这个消息，大家都很生气，表示不赞同。”
高雄市旗津区渔民陈伟民通常不到太平岛海域去捕鱼，但作为区渔会的一名理事，他还是担心这项国际仲裁会影响其他台湾渔民在远海作业的安全感。
陈伟民：“如果因为这样，造成海巡单位不敢去巡护，不敢去那边介入的话，它态度可能会放软、龟缩了。这是渔民朋友可能无法接受的。”
渔民：蔡政府减弱护渔力度
美国之音2017年9月走访了台湾南部渔业重镇高雄市的旗津和前镇渔港、屏东县的琉球乡和东港镇。在当地的许多渔民看来，自从蔡英文政府上台以及相关国际仲裁公布后，海巡署减弱了在太平岛和南中国海的护渔力度。
曾毓宗：“我们的渔船跟以前不一样的地方是，我们现在的渔船不大敢到太平岛附近去了。因为，现在的政府是主张那边太远，比较不容易管护得到。”
来自琉球乡的屏东县议员洪兹綪曾经在台湾与菲律宾的一场渔业纠纷中失去了自己的父亲。她也说，现在的台湾政府在维护主权和渔权方面太过软弱。
洪兹綪：“对太平岛，蔡政府没有积极去做，我觉得这是毋庸置疑的啦。你说，国际海洋法庭判太平岛不能叫岛，那冲之鸟可以叫岛吗。我们也可以诉诸国际嘛，可是你没有做嘛。”
蔡英文总统在国际仲裁结果宣布后曾表示“绝不接受”、尤其不能接受针对太平岛的裁决，但执政一年多来，她更多地主张太平岛可以成为一个国际人道和补给中心，并强调以和平与对话方式处理领海和领土纠纷。
海巡署：护渔力度未减反增
不过，行政院海巡署常务副署长龚光宇星期一（2017年9月25日）对美国之音说，这并不意味着跟往届政府比，现任政府减弱了维护主权和渔权的力度。
龚光宇：“维持和平，这本来就是全世界普世价值，但是护渔绝对不会因为换了一个新政府就力道减弱。没有这样。”
龚光宇举例说，在蔡英文政府上任后不久，海巡署2016年6月4日在高雄港西南145海里处查获越南籍渔船在台湾专属经济海域捕鱼，将一搜越南渔船带回台湾调查并实施处罚。
他还说，在国际法庭作出有关南中国海问题的仲裁后，台湾海巡署不仅没有减弱、反而增强了在太平岛海域的巡护。
龚光宇：“在南海仲裁前，我们在南海的巡护是每个月1航次，每次7天。南海仲裁之后，是每个月3航次，每航次是12天。所以从这可以看出，我们护渔的力道一直在加强。”
渔业署：重叠海域要谨慎
在台北，台湾行政院农委会渔业署副署长黄鸿燕对美国之音说，南中国海是台湾渔民传统的渔场，渔民任何时候都可以去那里捕鱼，政府从来都没有限制他们去那边作业。但是他承认，台湾渔民如果在其他国家宣称的200海里专属经济海域内，可能得不到充分保护。
黄鸿燕：“我们有跟他们讲，人家宣布200海里水域，你不要进去，不要被逮捕进去。那个事情麻烦，我保护不了你。这是事实。”
台湾政府依然主张太平岛是一个自然岛，可是它主张拥有的200海里专属经济海域与菲律宾和其他国家主张的专属经济海域重叠。
官员们坚称，台湾渔民们仍然有权去重叠海域捕鱼，但又提醒渔民们，在台湾与相关国家就主权和渔权争议达成协议之前，他们去那里捕鱼要谨慎。
