台北方面谴责北京借由武汉肺炎疫情进行政治操作，宣扬其“一中原则”，并且在疫情扩大时没有”据实“与台湾分享信息的”恶劣行径“。不过有专家说，这其实并不是一件“坏事”，因为它让人们看清楚北京“是一个什么样的政府”。
自这个新型冠状病毒肺炎的疫情爆发后，台湾已经确诊一名武汉肺炎病例，不过在世卫组织星期三(1月22日)举行的紧急会议中，台湾没有获邀与其他有确诊病例的成员一起参加会议。
中国外交部发言人耿爽在星期三的例行记者会上，针对台湾被排除在世卫组织外是否影响其应对武汉肺炎疫情的问题表示，“没有人比中国中央政府更关心台湾同胞的健康福祉。”他还对台湾参与国际组织的问题表示，这“必须在一个中国原则下，通过两岸协商作出合情合理安排”。
耿爽的说法引来台湾政府的不满、遗憾与谴责。
台湾外交部发言人欧江安星期四说，中国外交部在武汉肺炎疫情“急剧升高且持续向外扩散”之际，不仅没有和台湾“据实分享疫情情资”，还“以中央政府自居，进行政治操作”，贬损台湾的国家主权及地位，“中华民国台湾外交部对中国类此恶劣行径深表遗憾，并予以谴责。”
欧江安还说，中国政府无权就台湾参与世卫组织提出任何“矮化”台湾地位的安排，“只有台湾的民选政府能代表台湾2300万人民以及守护台湾人民的健康人权。”她呼吁世卫组织秉持医卫专业考量、屏除政治偏见邀请台湾参与WHO体系防疫相关会议、机制与活动。
美国布鲁金斯学会东亚研究中心资深研究员卜睿哲(Richard Bush)在接受美国之音采访时说，新型冠状病毒的处理让中国处境尴尬，不过北京的政治操作对台湾或许“不是一件坏事。”
卜睿哲说：“它们自然让北京处于困难地位，因为他们必须选择‘一中原则’以及他们要如何定义它，这代表说，他们的观点是排除台湾，但与此同时他们看起来却非常残酷而且不人道。不过那倒不是一件坏事。它实际上让人们看清楚，它是一个什么样的政府，而且台湾可以寻求其他方式得到他们关于这个病毒所需的实质协助。”
对于中国为何在两岸交流中断的情况下却同意让台湾派专家到武汉实地访查，曾任美国在台协会主席的卜睿哲认为，这是北京要以其条件来表达关心的做法。
他说：“他们表现出一些关怀，他们在说‘我们要以我们的条件来这么做。我们是中国政府，你们是中国的一部分。我们给你们许可到武汉来。’不过他们也可以做的另一件事，如果他们真的想要帮助却又能不违背他们神圣的原则，就是允许台海两岸的医生协会彼此沟通，那会是民间沟通，但它可以解决问题。如果他们仅仅只想这么做，那也很好。重要的是务实协助。而那看来会符合他们的政治原则。”
根据台湾卫生福利部网站发布的信息，去年12月31日因武汉出现肺炎病例，卫服部即向中国疾病控制中心和世界卫生组织确认疫情信息，武汉市健康委员会曾提供当天已发布的、有27例肺炎的信息，随后台湾即启动边境检疫应变措施。
1月6日，台湾卫生福利部疾病管制署向中国国家卫生健康委员会发出信函，请求依据《两岸医药卫生合作协议》，同意让台湾派专家到武汉实地访查以了解新型冠状病毒疫情。
1月11日傍晚在获得中方同意后，疾管署派出两名专家在第二天晚间抵达武汉，并在中国安排下与香港、澳门专家到医院了解病人临床表现。
台湾的专家在返台后举行记者会指出，在与武汉市卫生健康委员会开会时，中方已明确定调病毒有“人传人”的能力。
不过中国外交部发言人耿爽在星期三记者会上的说法是，在武汉发生肺炎疫情后，国家卫生健康委员会“及时主动向台湾地区通报疫情信息”，1月13到14日也应“台湾地区相关部门”请求，让“台湾地区专家”到武汉进行实地考察。
他还提到中国与世卫组织关于台湾的安排，表示“台湾地区”可参加世卫组织相关技术会议、及时获取世卫组织发布的全球公共卫生事件信息，“台湾地区”发生的突发公卫事件也可以及时向世卫组织通报。他说，这些安排“都确保了无论是岛内还是国际上发生突发公共卫生事件，台湾地区均可及时有效应对。”
