日本首相安倍晋三与美国总统川普周二（8月29日）上午通过约40分钟紧急电话，讨论了朝鲜这次发射的意图和日美的应对措施等，电话后安倍向首相官邸大厅里的记者们说：“日美完全一致认为，这次朝鲜发射导弹，是迄今为止不曾有的重大、深刻威胁，要立即要求安理会召开紧急会议，进一步加强对朝鲜的压力。”他还说：“川普总统强调‘美国百分之百地与同盟国日本站在一起’，今后也希望基于牢固的日美同盟基础，尽全力彻底地守护国民财产和安全，（日本）和美国、韩国合作，一边敦促中国、俄罗斯以及国际社会，一边加强向朝鲜施压，必须改变他们的政策。”
安倍周二早上在朝鲜发射导弹25分钟后，首次向官邸内的记者们强调，“日本完全把握了整个发射过程”，但指出朝鲜弹道导弹这次是越过日本领空，与以往不同，对日本的威胁增加，日本有必要显示更强硬的应对等，发言比以往长并且神态严峻。
政府显严峻态度
日本政府周二早上宣称，当天清晨日本时间5点58分前后朝鲜在平壤郊外的顺安向太平洋发射了一枚弹道导弹，6点05分至07分经飞跃日本北海道的渡岛半岛和襟裳岬上空，6点12分前后导弹落在距离襟裳岬以东约1180公里的太平洋日本经济海域之外，由于没发现弹道导弹或发射部件落在日本领土的倾向，日本没启动包括部署在北海道千岁基地里早已待命的PAC3(爱国者号)导弹防御系统，但随后日本自卫队出动P3C巡逻机，搜索海面可能落下的发射部件。
安倍内阁有关部门大臣周二早上在首相官邸举行“国家安全保障会议”后，不仅都显示了比以往紧张的神态，而且到中午为止，包括安倍在内，各大臣不断在各部门见记者，说明政府确认的最新情报和分析，显示了日本对这次朝鲜导弹飞跃日本领空的紧张感和威胁升级。
内阁官房长官菅义伟在会议后的记者会上，通过发表《内阁官房长官声明》，说明朝鲜发射弹道导弹违反安理会决议和六方谈判的《联合声明》，日本“提出最强烈的抗议，并以最强烈语言谴责”。声明也表示日本将切实执行单独制裁朝鲜的措施，并与美国、韩国、中国、俄罗斯合作、进一步确保安理会2371号决议等。外相河野太郎也与记者见面，表示日本已通过驻华使馆向朝鲜驻华使馆提出强烈抗议，并正向安理会现任当值主席国埃及要求召开紧急会议讨论，但沟通和联络还需一点时间等。各大臣随后不断在各自部门说明最新状况，务求把最新信息尽快传给国民。
时事通信社特别解说委员田崎史郎说，这次日本内阁的应对与以往不同，他说：“第一是安倍内阁应对异常迅速，这可能与安倍前一晚留宿首相官邸旁的首相公邸有关；第二是内阁官房首次以《官房长官声明》来对朝鲜发射导弹表示严正立场，提升了层次；第三是安倍与川普的电话联络迅速，显示了日美首脑在警戒朝鲜发射弹道导弹问题上已有默契的同盟一致步调。”
民间无奈与疑问
在北海道，日本周二一早首次对朝鲜导弹启动了2004年开发、2007年投入运行的日本警报系统的避难劝告，除了各地乡村政府无线电喇叭发出“呜-呜-“警报外，所有个人手机一起作响并显示”朝鲜发射弹道导弹，请尽快躲进坚实建筑物或地下设施避难“等劝告。不过据各大日本传媒记者在北海道的采访，几乎没人避难，札幌有市民说“不知道该去哪儿”、“没看到异常，所以照常生活”等。北海道渔业协会也称，正在海上捕捞秋刀鱼的一些渔船既没折返渔港，也没发出受害报告。但有渔民抱怨说：“这次是没听说受害，可是感觉很糟，好像坐以待毙，等那个‘万一’什么时候来临”。
东京没启动警报系统，大部分市民都是在早上醒来后才获悉消息，不过东京出发往东北、北陆等几方向的新干线周二早上延迟约半小时出发，车站也向顾客发出“因朝鲜发射弹道导弹，所以需要确认安全、延迟出发”等通知。
显得有些慌乱的是日本传媒，尤其是民间电视台，主持人或记者一早显得有些语无伦次、不得要领，例如有电视台派记者去采访远离北海道的关东茨城县县民，也有主持人承认自己“太激动”。
紧盯中国的应对
主流舆论比较普遍质疑，虽然面向日本海为主的各县都实施过响应警报系统的避难训练，但这次劝告避难时，从政府发出劝告到朝鲜导弹落下的2分钟时间里，如果真需避难是否来得及。
另一方面，主流传媒、舆论都紧盯北京的反应。官方电视台NHK在朝鲜发射后约两小时就连线驻北京记者，说明中国的反应。当时该记者说：“中国央视引用NHK的报道来说明朝鲜导弹飞跃日本领空的情况，而现在为止还看不到中国政府的反应。”不少网民吐槽“中国要求日美抑制过分反应，中国到底有没有要求朝鲜做什么”、“日本该忍耐到朝鲜导弹、核弹头掉下日本国土吗”、“安理会有用吗”等等。
事实上，据日本多个主流传媒此前一晚纷纷引述韩国国家情报院的报告称，朝鲜已在接近中朝边境的丰溪里核试验场完成了新一轮核试验准备，可能在9月9日实施。朝鲜的弹道导弹、核试验对包括中国在内的威胁正成为类似家常便饭式的新常态。
