香港运输及房屋局局长陈帆和广东省政府秘书长林积9月4日凌晨在广深港高铁西九龙站内地口岸区主持启用仪式，至此，备受香港各界关注的“一地两检”条例上路，将西九龙站内的10万多平方米面积的管辖权交给大陆当局。
中国内地和港府低调于凌晨举行的15分钟的启动仪式，没有公开邀请媒体，只是在事后发布了新闻稿和照片。
对于大陆和港府当局没有公开邀请媒体出席这个仪式，香港记者协会发表声明予以谴责，认为这样的安排并不恰当。
声明说，广深港高铁“一地两检”安排一直备受公众关注，内地口岸区启用和内地人进驻，对香港影响深远，传媒有必要在场观察记录和提问。声明质疑政府是故意低调进行内地口岸区启用仪式，严重影响公众的知情权，对此做法予以谴责。
香港行政长官林郑月娥4日在出席行政会议之前表示，昨晚的启用仪式并非正式通车仪式，只是双方工作层面的交接，故她没有出席，不存在“鬼祟”进行。她还承诺，在9月23日正式通车时，她与广东省长马兴瑞将共同出席，并将邀请媒体采访。
林郑月娥还就西九龙站内地人员膳食、神秘楼层和内地人员留港过夜等公众关心的问题做了答复。她说，内地口岸区工作人员膳食费用由内地方面支付，内地口岸区工作人员需购票乘车，每天往返深圳和西九龙站，除部分人员在内地口岸区值夜班外，其他人员不会在香港“过夜”。对于外界质疑B5层是“神秘楼层”的说法，她说，该楼层就像酒店的“后台工作间”一样。
香港反对派立法会议员和律师协会曾质疑“一地两检”安排，认为这种安排违反了香港基本法。香港公民党立法会议员、执业大律师陈淑庄说，立法会以往的文件或会议纪要中从来没有“B5层”的记录，而且议员们在过去的参访中也从未到过这个楼层。她敦促港府向公众作出适当解释。
路透社报道，立法会议员、“一地两检关注组”召集人陈淑庄说，“这种安排是非法和违宪的。这是我们司法独立和法治最黑暗的一天”。
中国内地和香港官员坚称，所谓的“一地两检”安排，为旅客提供了便利，缩短了从香港到内地城市的旅行时间。
9月23日广深港高铁香港段正式通车。届时将有内地大约800人进驻西九龙站内地口岸区，包括160名警察。
香港政府每年向使用西九龙站内地口岸区的内地收取象征性的“租金”1千港币。
