来自日本政府的消息说，杜特尔特这次是以国宾身份正式访问，首相安倍晋三的内阁正在精心权衡接待杜特尔特的利弊，“最大目标是延续日菲两国至今友好的关系，期待既牵制杜特尔特一边倒向中国，又不损害日美信赖关系，为今后协助美菲修复关系做长远铺垫”。
日菲两国外交部正筹备安倍10月26日与杜特尔特正式会谈后举行的小规模峰会，安倍提出这一建议旨在谋求构筑两首脑个人信赖关系和促膝谈心的安静环境，希望通过向杜特尔特详细说明日本为什么主张南中国海问题基于国际法解决的重要性，来善诱杜特尔特。
预计杜特尔特访日期间，日菲将签署援助提升菲律宾海洋警备能力的大型巡逻舰供应协议，和可能达成援助菲律宾农业、援助菲律宾取缔反政府组织的小型船舰协议，以及讨论两国已达成协议的日本借予菲律宾TC-90军机的价格、条件和协助训练两名菲律宾战机飞行员等事务。杜特尔特也计划与日本企业界领袖会面、呼吁在菲律宾投资的丰田、三菱汽车等日企扩大投资。日本天皇将于10月27日会见杜特尔特。
避重就轻拉关系
消息说，由于杜特尔特目前看来正高调反美，加上美国总统大选也存在今后美国对亚洲外交出现政策变数的潜在可能，安倍内阁不打算在这次杜特尔特访日期间斡旋美菲修复关系。
安倍内阁还考虑到两国领导人建立信赖关系的气氛，因此也不打算敦促杜特尔特停止杀戳涉毒者，但基于日本舆论和国民对杜特尔特的统治手段和谩骂、脏话习性反感，安倍内阁也无意营造像去年欢迎前菲律宾总统阿基诺那样的气氛。
不过日本政府相信杜特尔特对日友好，外务省也准备举行一个欢迎会和扩大今后日菲交流活动来铺垫长远的安定友好关系。但外相岸田文雄主办的欢迎会也将是小规模，消息来源表示，“对国宾该有的礼节、程序会有，但不打算气氛热烈”。
内阁官房长官菅义伟10月21日在东京对杜特尔特访日表明的正式立场是：“希望借杜特尔特总统访日，明确推进两国战略伙伴关系进一步发展”，菲律宾政府发言人也在马尼拉表示“高度评价菲律宾与日本具有活力的关系”。
日菲五百年恩怨
日菲交往、贸易源于十六世纪；十七世纪开始有日本人定居菲律宾；十九世纪日本援助菲律宾脱离西班牙殖民统治的独立战争；二十世纪移民菲律宾经营农庄的日本人过万，他们在菲律宾建学校和神社等，开始文化影响菲律宾。
二战期间日本军事扩张也铺展到菲律宾，1945年美国占领菲律宾及日本战败后，1956年日菲缔结战争赔偿协定时建交。到1976年为止，日本赔偿了菲律宾约19亿美元，随后日本以经济援助的方式成为菲律宾最大援助国，累计到2014年，无偿援助约2.8亿美元，低息贷款等有偿援助和技术援助共约2.7万亿美元。菲律宾逐渐改善了对日感情。
二十世纪90年代起日菲发展友好关系，日本成为菲律宾最大贸易国和投资国，直至去年美国取代成为最大投资国。2012年安倍执政后，日本更积极援助菲律宾，安倍与阿基诺的信赖关系带动两国政治关系迅速发展，去年6月阿基诺访日时得以在日本国会演讲，两国还发表《联合宣言》，宣告关系升华到战略伙伴阶段。
有理没理输嘴脏
杜特尔特当选总统前出任市长的达沃市也有许多日本投资，一般相信这是杜特尔特对日友好的起因，杜特尔特再三称日本是菲律宾最大贡献者、感谢日本人等。
不过日本社会对杜特尔特印象不佳，日本人衡量政客的最基本标准是干净-既要求权钱关系干净，也重视语言、行为干净。
日本一向很少报道菲律宾新闻，南中国海纷争升级后，菲律宾才进入一般人的视野。但最初广泛报道杜特尔特就是因他谩骂美国总统奥巴马，后来他杀戳涉毒者的新闻再促发民众反感。
对杜特尔特访华、取悦中国的姿态，最主张国际和谐的《朝日新闻》10月22日的社论也以“中菲首脑会谈别忘法制”为题说：“中国和菲律宾作为国际社会一员都有该遵守的原则、有守法义务”，“邻国改善关系是好事，但为了彼此狭隘利益，轻视法法治就会成为亚洲地区的重大忧虑。菲律宾是起诉南中国海问题的当事国，今年夏天才获得全面否定中国主张的判决，菲律宾应有很多想说的话，但却封了印。这大概是中国贷款和解禁菲律宾水果进口，让杜特尔特上演现实和解的应对。可是判决依然有效，中国主张单方面权利的南中国海，哪个国家都在这个重要航道有自由航行的事实不变”。
警惕安倍大撒币
《朝日新闻》社论还指出中国反向美国谴责杜特尔特镇压涉毒者的立场，默许、支援促使杜特尔特“诀别美国”并公开谩骂，令人不得不严厉质问中菲两首脑轻视人权的姿态。社论说：“日本应有的基轴是法制等自由主义价值观，希望安倍政权别忘此原则来接待杜特尔特”。
《读卖新闻》当天社论也持同样观点，称“菲律宾总统访华不该令国际判决成为废纸”。《产经新闻》的社论则称“菲律宾对华外交，令与美国同盟的日本很难再维持与菲律宾以往价值观共有的关系”，坚定支持安倍政权的《产经新闻》也告诫安倍：“如果静观欠缺常识的杜特尔特外交姿态，就会威胁到日本国家利益和国际秩序”。
网络上“菲律宾完了”、“希望菲律宾最终承担自取灭亡的责任，不要再来哭求日美援助”的看法占主流。
不过研究海洋安全的日本学者北村淳说：“杜特尔特诀别美国既有他不满美国阻止他杀戳涉毒者，也有他权衡美国不可能夺回让中国侵占的黄岩岛，所以选择顺水推舟，先哄中国解囊，再哄日本援助，最终维持美菲关系不变的策略”，北村认为菲律宾不可能改变与美国的关系。
《日本经济新闻》也指出，“美国不仅是菲律宾第一投资国、第二贸易国，而且1千万在海外打工的菲律宾人超过3成在美国，他们汇款回国，支撑着菲律宾经济”。
