虽然印尼高调宣称将在周边水域巡逻驱逐中国渔船，而这将危及两国的经贸关系，但分析人士指出，但目前为止，印尼最终在这一轮争议中上占了上风而且没有带来什么负面的后果。
印尼总统佐科10月份表示，他的政府永远不会对纳土纳群岛的主权问题做出让步。纳土纳群岛位于婆罗洲的西北侧，由272个微型岛屿组成，它附近水域有中国船只经过。9月和10月军事演习期间，佐科到访了这座群岛。
澳大利亚墨尔本大学亚洲研究中心的高级研究员大卫·麦克雷说：“一些印尼官员坚定的认为，印尼既可以坚持对它主张的纳土纳群岛周围的专属经济区享有权利，与此同时也能够与中国发展稳固的经济联结。”
佐科去年还呼吁印中两国到2020年时将双向贸易额提高到1500亿美元。中国已经是印尼的首要进口来源和矿产及棕榈油等产品的第二大出口目的地。
但印尼内阁已经实施了被专家称为低风险的策略，来捍卫它主张的纳土纳群岛周围200海里的专属经济区。中国援引历史数据表示，中国渔船数年来一直在这片水域捕鱼。
国内的担忧
印尼人民特别是渔民们憎恶非法捕鱼。由于之前对印尼的一万三千个岛屿周围水域的监管缺失，非法捕鱼已经成为了一个问题。
印尼总统表示，印尼自己应该获得纳土纳群岛附近的渔业和天然气资源。
中国主张对南中国海95%的海域（350万平方千米）享有主权，面积从台湾延伸至新加坡，其中包括纳土纳群岛附近的一片水域。
中国的主张还侵犯了文莱、马来西亚、越南和菲律宾建立的专属经济区。从2010年起，中国开始在西沙和南沙群岛填海造陆，并向那里运送军事设施和建造石油钻塔，以强化其主权主张。台湾也主张对南中国海的大部分地区享有主权。南中国海是亚洲地区深远的主权争议的中心问题。
