台湾前总统马英九7月14日就南中国海仲裁案发表公开看法。他表示，台北在南中国海所主张的“十一段线”与北京所说的“九段线”不可混为一谈。
海牙的南中国海仲裁庭7月12日公布的南中国海仲裁案的仲裁结果认定，中国在南中国海“九段线”拥有历史性权益的说法无法律依据。在该仲裁结果出炉前后，台湾内部有一派声音认为，台湾不应强调所谓中华民国对南中国海的历史权益，以免被认为台湾和中国大陆的观点趋同而受到国际社会质疑。
马英九在出席中华民国国际法学会举办的“南海仲裁案研讨会”上表示，台湾的中华民国政府所主张的与北京所主张的不可相提并论。他说：“我们要弄清楚，南海诸岛的位置图在（1947年）公布的时候中共还没有建政，这是第一。第二个是它（中共）出来（建政）以后弄出‘九段线’是从‘十一段线’减少的。我们先，他们后。他们学我们再修改的，又不是我们学他们。”
马英九还表示，台湾强调历史权益能够有助于为台湾在南中国海争取更多权益。他说：“有人说不要提历史性的论述，生怕这样会和中共粘在一起，但对于领土主权来讲，历史论据非常重要。”
对于一些台湾人来说，南中国海仲裁案对台湾最大的影响在于裁决书中将台湾列为中国的一部分。台湾新国策智库副执行长林廷辉星期三接受美国之音采访时表示，南中国海仲裁案对台湾最大的影响是其主权地位被损害。他说：“我觉得这个仲裁案当中对台湾更重大的挑战和威胁在于把台湾视为是中国的一部分，因为在文字当中有提到Taiwan Authority of China（中国台湾当局）。那这样一个表态对台湾的主权立场是一个严重打击。”
对于南中国海仲裁案，台湾政界蓝绿两大阵营最大的共识是对仲裁庭认定太平岛为“礁”感到无法接受和强烈不满。曾于1月份以台湾总统身份登上太平岛的马英九在研讨会上展示了来自太平岛一口井的水。他表示，太平岛上的天然淡水每天可供1500人饮用，仲裁庭将太平岛定义为“礁岩”是罔顾事实。
南中国海仲裁案结果公布后，中国外交部和国台办表示，海峡两岸应“共同维护南海领土主权和海洋权益”，“维护好中华民族的祖产”。对此，马英九表示，南中国海的领土主权问题涉及高度的敏感性，目前如有合作将只限于民间。
他说：“我的看法是在民间当然是有（合作可能），可以去多讨论各种方案，向各自的政府建议，这样比较好。因为这个议题高度的敏感。你看我们去太平岛，跟大陆一点关系都没有，人家都会说你是不是为了大陆怎么样。我们国内有一批人整天就盯着我，说‘你是不是亲中卖台’。所以说，这个问题敏感度非常高，我觉得不必在这个时候去制造更多的困扰。”
台湾陆委会此前明确表示，两岸不可能在南中国海问题上合作。陆委会副主委林正义星期三表示，台湾政府在主权问题上“不相互合作”。
