中国国务院台湾办公室星期六对台湾海警开枪击伤中国渔民作出强烈反应，称这一事件“令人愤慨”。不过，台湾行政院海巡署当晚约十点发出新闻稿，对事件予以“予以澄清”，并说绝无所谓“无端抓扣大陆渔船”的事情。
报道说，台湾“澎湖海巡队”星期六在澎湖花屿西方海域23海里处发现了一艘中国大陆的渔船越界。经广播喊话后，该渔船拒绝停船接受检查，并阻止台湾海巡人员登船。台湾“海巡队”随后发射了5发橡胶子弹与破门弹，造成两名大陆渔民受伤。
海巡署的新闻稿说，5月6日5时20分左右，一艘没有船名的大陆渔船，在澎湖花屿西北方20.4海里处限制海域内，越界使用“笼具捕鱼”，并在被警告后“蛇形拒检”，还有船员攀挂在船舷边缘，恶意以人肉盾牌阻止海巡人员登船检查。台湾有电视台播放了现场画面。
台湾海巡署说，他们依据《两岸人民关系条例》以及海巡署相关条例，使用“低致命武器”登船检查。
中国国台办发言人安峰山说，台湾应当尊重两岸渔民在传统渔区作业的事实，并要求台湾方面立即严肃查处这一事件，尽快放人放船。
海巡署的新闻稿没有提及这次事件中，被抓捕大陆船上的人数。但是说，这艘越界的大陆渔船已经被押返到马公港口“留置调查”。
新闻稿说，2016年台湾驱离越界大陆船只1325艘，扣留18艘。2017年4月底前，驱离346艘，扣留36艘。
台湾海巡队曾表示，中国渔船越界到台湾海域捕鱼是侵犯台湾主权，海巡队将持续“强力扫荡越界陆船”。
