印度尼西亚官方承认台湾琉球籍渔船“圣德财”和“连亿兴116号”在马六甲海峡遭印尼巡逻船枪击。但是印尼政府表示，巡逻船是在涉嫌非法捕鱼的两艘台湾渔船多次无视要求其离开印尼海域的警告之后，才对渔船开枪射击。
印尼安全部长卢胡特·潘查斯坦周四表示，枪击台湾渔船的巡逻船遵循了一切处理外国船只的标准程序。
打击非法捕鱼专案组副组长尤努斯·侯赛因说，巡逻船官员最初要求船只使用扬声器，但是船只忽略要求。随后，他们朝天鸣枪示警，但是台湾渔船拒绝停下，并开始向巡逻艇方向继续驶进，这才导致巡逻艇开枪。并表示这是巡逻船为防止冲突，采取的自卫行动。
台湾方面要求印尼作出解释。其外交部发出的一份声明中痛批了印尼的暴力行为，并要求印尼拿出台湾渔船非法捕鱼以及企图冲撞印尼公务船的证据。台湾农委会渔业局局长蔡日耀表示，根据台湾获得的卫星定位数据判断，从两艘渔船的行驶速度来看，它们不可能是在执行捕鱼作业。
在过去的一年中，印度尼西亚采取了强有力的行动打击非法捕鱼，并摧毁了数十名被获船只。
