台湾政府大力提倡发展可再生能源。台湾官员表示，与中国大陆的能源合作还在继续。
台湾政府推动绿能科技、亚洲矽谷、生物医疗、智慧机械和国防航太这五个创新产业。台湾经济部能源局副局长陈慧玲最近参观台湾太阳能企业时对记者表示，新政府将以最大的诚意来帮助绿色能源企业快速发展。
陈慧玲说：“绿能科技我们过去在我们的绿能药生方案里面，我们有预估我们未来的产业大概太阳能跟LED是会破兆元。目前我们有提出的新的一些积极的计划，包括太阳能两年计划跟风能四年计划。”
根据这项太阳能两年推动计划，除了太阳能两年装置目标提升至15.2亿瓦以外，使用高效能的模组还会得到政府6%的补助。经济部最新的再生能源目标是到2025年，新能源总发电量515亿度，占当年发电总数20%，正式取代核能。
业内人士说，新政府目标下太阳能发电是马政府的两倍，但是实际达到这个目标的阻碍非常大。
较马政府相比，蔡英文政府突出太阳能以及离岸风力发电。马政府在能源方面除了强调绿色能源，也继续坚持核能的必要性。而新政府希望“寻找替代能源、提高发电效率、节约能源、产业结构调整及电业自由化，来达到2025年非核家园”。这包括将马政府所制定的在“2025年太阳能发电达到13GW装置量“，大举提高至20GW （200亿瓦）, 上调超过50%。
在10月3日举行的“全球招商大会”上，蔡英文再次强调了新政府对创新产业的重视。
蔡英文表示，台湾经济的转型将取决于绿能科技、亚洲矽谷、生物医疗、智慧机械和国防航太这五大创新产业，台湾诚挚欢迎对于这五个领域的投资。
而对于国内企业的扶植在新政府下也得到落实，能源局副局长陈慧玲表示，目前在科技研发上面，能源局有能源科技基金，大理注入到科技方面的研发。
在谈到与中国是合作还是竞争的问题上，陈副局长表示，目前台湾与大陆的合作该有的还是有，并没有停摆。她说：“太阳能电池大陆大概第一，整个世界占的市场份额超过40%， 那我们也是十几个百分点。在过去在这个部分跟大陆方面有合作，目前这个合作关系还是一样，没有大幅度的改变。”
但是她强调，台湾的优势在于效能。其太阳能板的效能高，研发技术优良。例如台湾大同集团下的绿能科技股份有限公司(Green Energy Technology),就开发了表面材料是非玻璃制成的高效晶片，能够将太阳能板用在汽车，道路等不能允许反光出现的位置。
绿能科技公司的产品销往全球。总经理林士源表示，对于中国大陆的市场他们还有待观察。
林士源说：“中国大陆我们可能没有那么急，因为我们怕专利被复制。很多公司的专利在中国被复制，然后诉讼都失败了。这个我们一开始就比较审慎。”
能源局能源技术组的陈崇惠博士表示，虽然政府鼓励措施很多，但是达到太阳能发电目标难度很大。根据中时电子报的报道，全台湾截至去年10月为止所积累的太阳呢个发电装置量不过为728兆瓦, 仅仅达到200亿瓦的3.6%。
分析人士指出，要达到新政府的目标，未来10年，每年的太阳能安装量都要达到近30%的增长率，达到这个目标困难重重。台湾土地有限，首先要解决土地问题。不耕作的土地多为私人所有，整合难度大；而太阳广电设在空旷的区域，电网强度不足。而同时，包括中国大陆的台湾周边国家都在发展新能源，整个市场存在巨大竞争挑战。
