中国“清华海峡研究院”被怀疑为中共机构在台搞渗透、帮助中国招募科技人才，目前已被台湾方面要求停止其在台机构的运作。
据台湾《自由时报》报道，该研究院于2016年通过自强工业科学基金会向台湾清华大学承租校内办公场所，设立“清华海峡研究院新竹办公室”，并成立“两岸产业促进中心”。报道说，“新竹办公室”曾于2017年赴大陆考察。
据其官方网站显示，清华海峡研究院于2015年成立，是由厦门市人民政府、北京清华大学共同成立的按企业方式运作的事业单位。官网说，清华海峡研究院“服务于加快海峡西岸经济区和‘一带一路’核心区建设”。
台湾陆委会主委邱太三星期一在回应立法委员质询时表示，今年7月才得知台湾清华大学设立这所办公室，8月发函给教育部要求厘清问题。他表示，如果确定有关机构违法违规，会依照《两岸人民关系条例》处置。
台湾《两岸人民关系条例》有关条款规定：“大陆地区之非营利法人、团体或其他机构，非经各该主管机关许可，不得在台湾地区设立办事处或分支机构，从事业务活动。”
台湾教育部表示，11月4日已经函请台湾清华大学校友总会、台湾清华大学，要求调查“新竹办公室”从事活动的情况，并报告给教育部。
自强基金会董事长卢昆瑞回应说，清华海峡研究院因为疫情原因已有很长一段时间没有运作，今年底租约到期后也不再续租。
邱太三说，过去政府基于尊重学术，很少调查学术单位是否有被渗透的情况，使得学术单位成为可能的破口，希望借由此次调查机会，检视台湾所有大专院校，调查是否有类似违规的情况。
台湾新竹是全球高科技代工产业的重镇，半导体技术尤其发达，人才集中。而中国大陆的科技企业在美国的出口制裁的制约下，急需半导体技术和人才，以发展本土芯片制造能力。
民进党籍立委赖瑞龙对台湾民视新闻说，台湾的人才和科技资源近年来被中国背景的机构挖走人才和科技机密的现象屡见不鲜。他说：“过去来窃取从台积电、联电，各种机密被窃取到中国去，甚至于人才被挖角过去，用完之后再把他丢掉。”
