在中菲两国就南中国海有争议岛礁的对峙日益升级之际，中国星期一（7月8日）称菲律宾在斯普拉特利群岛（Spratly Islands,中国称南沙群岛）“非法”坐滩的军舰“严重损害”了那里的珊瑚礁生态系统。
中国自然资源部发布消息说，自然资源部南海生态中心、自然资源部南海发展研究院联合发布《仁爱礁非法“坐滩”军舰破坏珊瑚礁生态系统调查报告》，称基于卫星遥感和现场调查数据,首次全面系统评估了仁爱礁（第二托马斯浅滩，Second Thomas Shoal，菲律宾称阿云金礁）的珊瑚礁生态系统状况。
该报告称,菲律宾军舰长期在斯普拉特利群岛的第二托马斯浅滩非法“坐滩”,已经严重损害那里的珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性和持续性。
报告说,菲律宾军舰“坐滩”过程对珊瑚礁生态系统造成致命性破坏,其长期“坐滩”又对周边区域珊瑚的生长与恢复产生了较大抑制性影响。军舰锈蚀破损导致的重金属析出及菲方生活垃圾与污水排放等对珊瑚的健康生长造成了长期性危害。菲渔船和军舰舰上人员在渔业活动中弃置的渔网渔线等对珊瑚礁生态系统健康造成了严重影响。
报告表示，2024年较2011年,该浅滩的礁盘造礁石珊瑚覆盖面积总体减少了约38.2%,菲律宾军舰周边半径400米范围内礁盘的造礁石珊瑚覆盖面积减少了约87.3%。
报告要求菲律宾应将非法“坐滩”军舰清走,消除污染源,避免继续对仁爱礁珊瑚礁生态系统造成持续性和累积性危害。
路透社报道说，菲律宾的海岸警卫队和海军还没有立即对中国的报告或者说法做出回应。
报道表示，中菲双方都曾报告由于船只和渔船在某些环礁附近操作而造成珊瑚礁受到破坏。
去年，菲律宾指责中国破坏菲律宾在南中国海专属经济区内的珊瑚礁，表示在探索针对中国的法律选项。
菲律宾还说，在过去的周末，中国派遣最大的一艘海警船在菲律宾专属经济区内抛锚，意图对菲律宾进行恐吓。
中国和菲律宾长期以来对斯普拉特利群岛的第二托马斯浅滩和萨比纳礁（Sabina Shoal，中国称仙宾礁，菲律宾称Escoda）的主权存有争议，并时常发生纠纷甚至对峙。
菲律宾1999年将废弃的“马德雷山号”登陆舰搁浅在第二托马斯浅滩，并派军驻防,以强化对斯普拉特利群岛的主权主张。菲律宾经常会向搁浅军舰上的驻军提供补给,引起中国不满,双方不时在南中国海这片有争议的水域发生冲突，尤其是近几个月更是冲突升级。中国为强化其对南中国海的领土主张，在该海域采取挑衅活动，包括使用水炮、军事级激光，以及船只冲撞等手段，对付提供补给的菲律宾船只。
今年6月17日，菲律宾海军再次试图提供补给，遭到中国海警人员手持刀具、棍棒和斧头袭击，导致一名菲律宾水手失去了一根拇指，枪支被抢，气垫船被损坏。这是近几个月来中国和菲律宾船只之间一系列冲突中最新且最严重的一次。日本、美国及其亚洲和西方盟国和安全伙伴都对中国的行动表示担忧。
这次冲突事件发生后，中国副外长陈晓东和菲律宾副外长特雷莎·拉扎罗（Theresa Lazaro）7月2日在马尼拉举行了会晤，双方同意有必要恢复信任及信心，以更好地管控双方在南中国海的海上争端，并缓和紧张局势。
中菲副外长会谈结束后，菲律宾武装部队总参谋长罗密欧·布劳纳（Remeo Brawner）7月4日透露，菲律宾总统小费迪南德·马科斯（Ferdinand Marcos Jr.）已经下令菲律宾武装部队缓和南中国海的紧张局势。
南中国海是一条国际贸易的关键水道，每年有价值超过三万亿美元的国际贸易经过南中国海运输。中国声称拥有几乎整个南中国海的主权，而其他主张拥有南中国海全部或部分主权的国家和地区包括菲律宾、越南、印尼、马来西亚、文莱和台湾。
海牙国际仲裁法院2016年曾就南中国海主权争议作出过判决，裁定中国基于历史权利的南中国海九段线主张缺乏法理基础，但是北京不仅拒绝参与仲裁，也拒不承认仲裁结果。
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