自从“全球抗击艾滋病、结核病和疟疾基金”进入中国以后，中国在过去的六年中从全球基金那里吸纳的资金数额巨大。一个在今年年初刚刚启动的滚动整合项目所吸纳的资金高达二十多亿美元。参加第18届国际艾滋病大会的中国非政府组织代表说，中国全球基金的治理架构存在交叉重叠的问题，官办“非政府组织”已经全面地控制了全球基金。一些草根非政府组织感到了挤压，在纷争的同时也在纷纷进行整合。
参加这次维也纳国际艾滋病大会的代表贾平在2007年创建了“中国全球基金观察项目”该组织的主要任务是促进中国对全球抗击艾滋病、结核病和疟疾基金使用情况的透明度。贾平说，中国防治艾滋病全球基金的一个滚动整合项目从全球基金那里申请到了五亿美元，和以前几轮申请下来的基金整合在一起，再加上中国的国家项目的资金，六年内的基金总数额高达二十二亿美元。
*治理结构重叠*
贾平表示，这个数额庞大的项目2010年1月1日刚刚启动。虽然现在很难对它进行全面的评价，但是中国全球基金的治理结构已经显示出交叉重叠的问题，它的治理结构面临三个方面的挑战。
贾平说：“第一，它的治理结构似乎存在问题。全球基金的原则是多方伙伴关系的建立，希望建立一个共同的治理架构，也就是多部门的参与。但是目前它的核心架构--国家协调委员会当中卫生部的份额和代表过强，同时中国防治艾滋病全球基金滚动整合项目由卫生部、‘国艾办’和国家协调委员会共同来制定，这种架构本身就是一种重叠交叉，因为卫生部是国家协调委员会的主席单位，在委员会中有三个代表席位，‘国艾办’是国务院的机构，但是它又设在卫生部疾病防控中心的办公室里，这在治理结构上有很大的问题。”
*资金与管理缺乏监督*
贾平说，第二个重大挑战就是在地方层面上如何管理。这次中国申请到的五亿美元全球基金全部下放到了中国的三十几个省市和自治区的上千个县市，覆盖如此之广的国土，如何对地方政府进行监管成为国家协调委员会所面临的一个巨大挑战。第三个挑战是，按照中国对全球基金的许诺，这个六年的项目第一年要将20%的资金下放给草根社区，从第二年开始每年下放30%给草根社区。观察人士担心，最终能否做到下放，如何下放，下放了以后又如何管理，草根社区是否有能力用好和管好资金。
另一方面，也有非政府组织人士认为，自从防治艾滋病全球基金进入中国以后，中国艾滋病防治领域的非政府组织有良莠不齐的趋势，从某种程度上讲影响了非政府组织的可信度。另外，草根非政府组织随着资金的增加，它们所发出的声音也在不断增加，而且产生了许多不同的声音，这些不同的声音有的是政府不太喜欢的。这些固然是件好事，但是草根非政府组织之间开始出现了一些纷争，这些纷争为非政府组织带来了许多负面影响。
*中国男同性恋社区参与防治*
与此同时，草根非政府组织为了配合全球基金的申请，在纷争的同时也在纷纷进行整合。参加这次国际艾滋病大会的王君来自四川成都，他是一位男同性恋者。王君在接受采访时说，中国的男同性恋社区最近就对全国各地的男同性恋组织进行了重组与整合。王君目前担任“中国男同健康论坛”的秘书长。
王君说：“我们目前投入艾滋病防治的力量已经很多了，但是问题是这些力量没有形成一加一大于二的合力。我们希望能够把大家的力量整合起来，因为实际上许多人都想做一些事情。可是有时在合作方面关系处得不是很好，因此许多工作和劳动没有实现应有的价值。如何使许多部门，特别是公民社会与政府的合作更紧密，大家的心更往一起想，这是我们目前需要重点突破的一个问题。”
由于男同性恋者的性行为方式使得这一人群更容易感染艾滋病毒。根据中国卫生部2009年艾滋病疫情的报告，性行为传播已经成为中国艾滋病传播的最主要途径。其中，男-男性传播约占2009年新发感染者的32.5%。
