2008年两岸关系出现不少新突破，但也凸显新的挑战。一方面，大三通正式启动，两会协商首次在台北进行，两岸过去剑拔弩张的紧张有所降低。但另一方面，中国海协会会长陈云林的来访引发连串社会冲突，显示部分民众对两岸的频繁互动产生疑虑和恐惧。
2008年12月15日，基隆港内4艘货轮一同启航，前往上海和福州，揭开两岸海运直航的序幕，也显示两岸关系航向新的时代。
自从520马英九政府上台以来，两岸两会一共达成6项协议，包括大陆游客到台湾观光、航空包机、增加新航线、海运直航、直接通邮，以及食品安全合作等等。
台湾陆委会副主委刘德勋表示，这些都是与两岸民众切身相关的利益，两会的努力除了给民众带来生活上的便利，也对两岸关系起了重要的指标作用。
他说：“两次的江陈会谈，代表的是制度化的协商体制已经落实，在这个过程中，我们还看到大幅提升两岸的互动层级。”
刘德勋表示，11月初陈云林率团抵达台湾，随行的有中国国台办、商务部、运输部官员，台湾也有各部会次长级官员出席，是历来两岸协商的最高层级。
*缓和与大陆关系确保台湾安全*
前美国在台协会理事主席、美国布鲁金斯研究所研究员卜睿哲认为，马英九的两岸政策是希望借由主动与中国合作，来确保台湾的自由与安全。
卜睿哲说：“马总统采取这样主动的策略，首要动机是因为他相信借由消除中国的疑虑，与中国交往并扩大合作，可以更进一步确保台湾的安全、自由、繁荣与尊严，这也是他向台湾选民提出的竞选诉求。”
*民进党：两岸政策太快太多*
不过，台湾前任驻美代表吴钊燮认为，从陈云林来台，马英九政府出动大批警力，压制反对民众的声音，到马英九的一些发言，例如两岸是特殊非国与国关系，以及两岸民众的差异不在国籍，而是户籍，都让民众认为，马英九要将台湾推向两岸统一。
他说：“如果马总统希望在国内， 就主权议题让民众都能接受他的看法，我相信他必须做很多修正和说明，他也必须放下身段，思考如何与台湾反对党做合适的安排，让台湾与中国协商时，能有一个战略的深度。”
民进党文宣部主任郑文灿也表示，两岸之间要协商，不需要做出政治上的退让或承诺。他说：“我们担心的是，马英九政府用什么样的代价推动两岸的协商。如果政治的让步太多，会对台湾造成长期的损失，所以我们对于马英九政府的两岸政策，我们认为是太快了，也让太多了。”
面对在野党以及部分民众对这半年多来两岸关系的质疑，陆委会副主委刘德勋则以民调数字来回应。他表示，包括陆委会自己所做的许多民调都显示，约有6成6的民众认为江陈会谈并没有损害台湾的尊严，还有6成以上民众认为并没有出卖台湾的利益。
*和平协议不是当务之急*
至于两岸未来发展的重点有哪些，是否可能签署和平协议，台湾总统马英九在12月初与外籍媒体会谈时表示，和平协议已经不是当务之急。
马英九说：“这对两岸目前都不是一个急切的议题，因为现在两岸对立的气氛已经降到空前低点，所以我们不认为和平协议是当前最重要的问题，我们在贸易以及投资方面还有更重要的议题。”
*希望北京正视台湾存在及国际空间*
陆委会副主委刘德勋表示，希望透过两岸的制度化协商，让中国能正视台湾的存在以及国际空间。
他说：“陈云林会长在台湾的时候，我们也当面强调，台湾面临国际空间和生存的部分是有绝对的权利，我们希望两岸将来能够在国际空间上共同合作，发挥更大的效益。”
台湾大学政治系教授左正东也指出，今年台湾派出前副总统连战出席亚太经合组织领袖峰会，是历来的最高层级，也被认为是两岸关系改善后，北京释放的善意。但北京究竟能在这个问题上做多少让步，或许可以观察明年台湾是否能顺利加入世界卫生大会，也可依此作为两岸关系进展的指标。
关键词：中国大陆，台湾，两岸关系，国民党，包机，直航，海基会，海协会，马英九
