随着两岸交流的日益密切，加上台湾总统马英九过去保钓的历史背景，使得一些日本学者担心，台湾在强化与中国互动的同时，台日关系已经开始降温。对此，台湾官员表示，新的两岸发展不会影响台日关系。
根据统计，2008年马英九政府上台后，日本议员访问台湾的人数比去年同期减少百分之40，引起许多人士关注，在两岸关系不断升温的同时，台湾与日本的关系是否受到影响。
*希望发展两岸、台日三赢局面*
台湾“亚太和平研究基金会”以及日本“亚洲问题恳谈会”星期二联合举办一场座谈会，邀请台日两地的学者专家展开讨论。日本交流协会台北事务所代表，也就是日本驻台代表斋藤正树表示，2008年在全球都出现许多变化，金融危机的爆发，台湾出现第二次政权转移，前总统陈水扁因为贪污案被收押。而在两岸关系上，这个星期开始的大三通更是历史性的一刻。
斋藤正树说，日本政府了解两岸关系现在非常顺畅，希望日台关系也能有良好发展：“我在今年8月与台湾总统马英九会面时，就明确提到日本方面的期待，希望日台关系以及两岸关系能够发展成三赢局面，马英九也表示赞同。”
日本“亚洲问题恳谈会”会长高野邦彦则表示，原本处于持续对立的两岸关系目前走向全新的和平与缓解，这的确是马英九政府的施政主轴，但也因此凸显台日关系的新课题。因为过去日本普遍认为，国民党是比较偏向中国的，通过马英九的政策，台湾会急速拉近与中国的距离，这让日本各界感到忧虑。
高野邦彦说，虽然马英九政府多次派高层访问日本，证明新的两岸关系不会影响与日本的关系，但是还有一些因素让日本无法解除忧虑。
高野邦彦说：“目前的问题是，中国军备扩张仍然继续，而且情况很不明朗，如果中国军事威胁的问题能够解决，马英九的政策才能落实，日本的疑虑也才能解除。如果没有，恐怕很难打消日方对两岸发展的疑虑。”
面对日方的疑虑，台湾海基会董事长江丙坤在致词时强调，马英九总统提出“台日特别伙伴关系”，要继续和日本维持良好关系，马英九要做“和平缔造者”，希望日本放心。
江丙坤说：“从台湾的经济发展史上，台湾有今天是靠日本的资金、技术，在台湾经济起飞的阶段，扮演了积极重要的角色。今天台湾要升级，转型，仍然需要日本的技术、资金，站在台湾的经济立场，我们仍然把日本当作最重要的经贸伙伴。”
不过，江丙坤表示，站在政治的立场，台湾也要考虑自己的利益，比方说，台湾希望与其他国家签订自由贸易协定，但包括日本与美国都表示，必须考虑中国对此的看法。因此，两岸之间要正常化，还有很多挑战，新政府的两岸政策是先经济后政治，先易后难。
台湾亚太和平研究基金会董事长赵春山表示，今年6月，台湾船只“联合号”在钓鱼台海域与日本巡逻艇擦撞的事件，加上马英九过去对钓鱼台采取的强硬立场，使得马政府的对日关系遭遇空前考验。
他说：“双方关系虽然经历波折，但都秉持冷静和平的处理方针，使伤害减到最低程度，我们认为，通过这次事件的处理，凸显出台日双边历史文化以及经济安全各层面的密切关系。”
赵春山表示，因此推动台日特别伙伴关系的落实，需要台日双边更多的努力。
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