星期一，日本政府发言人町村信孝对台湾渔船和巡逻舰进入尖阁群岛，(中国大陆称钓鱼岛，台湾称钓鱼台)表示“极为遗憾”，要求台湾保持克制。有分析家认为，日本政府不希望日台关系恶化，今后的事态发展关键在于台湾。
针对台湾一艘渔船和9艘巡逻舰星期一清晨曾经一度驶入钓鱼岛海域，日本内阁官房长官町村信孝在当天的记者会上表示“极为遗憾”。
据日本共同通讯社报导，町村重申钓鱼岛是日本固有领土的立场，他对台湾船只闯入日本领海表示极为遗憾，他呼吁台湾保持克制。町村还就日前在同一海域发生的日方巡逻舰撞沉台湾渔船一事表明：“双方都有问题，我们已经向台方和渔船船长表示遗憾”。
日本第11管区海上保安总部的巡逻舰星期一清晨5点50分前后，在钓鱼岛附近海域先后确认台湾船只“全家福6号”和9艘台湾巡逻舰。日方巡逻舰发出警告，大约3个小时以后的8点44分，台湾船只全部驶离钓鱼岛海域。
日本与中国大陆、台湾针对钓鱼岛的主权存在争议，中国以及台湾船只曾经在附近海域进行抗议，不过台湾派出巡逻舰同行实属罕见。日本舆论认为，此次行动是抗议日前发生的台湾渔船被撞沉事件。
日本的台湾问题专家、文部科学省教科书调查官门间里良接受记者采访时分析，台湾举动的背景是岛内民族主义情绪膨胀。
他说：“马英九并不希望日台关系恶化，但是面对岛内民族主义情绪膨胀，马英九为了维持政权也需要有所回应。”
日本的产经新闻在评论中分析，今年5月马英九上台以后抬头的中华民族主义的深层潜藏著“仇日”心理。
日本第11管区海上保安总部就撞船事件透露有意提供赔偿。共同社报导，星期天晚些时候，第11管区海上总部总部长那须秀雄在记者会上阐明：“巡逻舰为了确认船名靠近渔船的行为是正当的，但是靠近方式存在过失，导致渔船沉没船长受伤，对此表示遗憾。”
报导称，那须总部长还透露，如果台湾提出要求日方会考虑提供赔偿。
台湾问题专家门间里良分析，事件是否会影响日台关系还要看事态发展。他说：“估计日本政府不希望此事破坏日台关系，但是也不会在尖阁群岛(钓鱼岛)问题上做出让步。”
他指出，关键要看马英九政权今后的应对，他乐观地认为台湾进一步采取强硬举措的可能不大。
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