香港和澳门旅游界都表示，一旦两岸直航，会造成港澳两地丧失作为交通中转地的旅游业客源，双方计划开发更多旅游资源吸引台湾和内地的游客，也有经济学家指出，从长远来看，港澳的未来商机将更多地依赖中国内地。
海峡两岸复谈顺利展开，面对两岸直航似乎指日可待的大趋势，香港和澳门更加关注一旦失去多年来两岸交通中转站的地位，应如何应对其带来的经济损失。
香港旅游发展局告诉美国之音，目前有大约百分之70的入境台湾旅客是在抵达香港后当天离境，人数大约有150万，其中大约百分之90是前往内地，因此一旦落实两岸直航，估计会流失这批台湾旅客；而在内地方面，香港旅游发展局估计，因为直航后内地旅客可以直接前往台湾旅游，会造成台湾直接和香港争夺内地客源。
作为应对措施，香港旅游局和澳门旅游局都表示，将加强合作，进一步整合两地的旅游资源，可以考虑推出包含香港、澳门、台湾的一程多站游览路线，开拓大型游轮服务，希望能够吸引台湾、珠三角地区以及内地旅客，在往来于台湾和大陆的途中，也到港澳两地旅游和消费。
香港媒体引述业内人士说，一旦香港丧失多年来的过境旅客，主要经济损失首先会反映在交通运输、酒店业以及零售业方面，而内地访港旅客人数也有可能不再会像近几年那样呈双位数增长。不过，香港入境旅游接待协会会长梁耀霖则相对乐观，他在接受美国之音采访时说，现在内地游客经香港到台湾观光的人数只占访港总人数的极少部分，即使全部流失，对旅游业的影响仍然十分有限:
梁耀霖说，现在每天有三千多名内地客经香港前往台湾观光，这个数字并不算太大，香港完全可以通过开发更多商机招揽新客源，比如开拓海上渡轮旅游航线，可以吸引两地游客进行两岸四地漫游，在乘渡轮观光的同时还解决了吃住问题。梁耀霖认为，香港肯定会有其它途径招揽其他客源，来弥补作为中转地所流失的客源。
北京大学经济学教授夏业良也认为，应当看到香港和澳门的优势是自由贸易港和主要度假地，作为交通中转枢纽并不是主要的商机来源。
夏业良: "如果是直航的话，就减少了中转的时间，看起来好像香港和澳门会因此失去一些商机，但是我觉得从更加广泛的角度来看，中国大陆会因此获得更多的商机，反过来，现在香港和澳门的经济很大程度上也有赖于大陆经济的整体发展，如果大陆经济不发展， 那么香港澳门可能更多地就要依赖于国际社会，所以我认为不是说短暂的局部利益消失就是一件不好的事情，从长远来看，对两岸三地都是有正面的促进意义。"
夏业良教授说，多年来香港和澳门依赖的主要客源都来自台湾，而从长远来看，香港和澳门应该意识到未来更大的消费利益将来自中国大陆，因为如果今后大陆的旅客可以方便地去台湾，大量的人就可能自动选择顺道前往香港和澳门，而现在大陆游客的购买力和消费力越来越强，因此肯定会带动港澳的消费商机。
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