马英九星期二正式宣誓就任中华民国总统。在就职演说中，马英九表示要强化和美国的合作关系，要以“不统、不独、不武”的理念，维持台海的现状。他呼吁海峡两岸抓住当前难得的历史机遇， 在“九二共识”的基础上，尽早恢复协商。他说，两岸人民同属中华民族，不论在台湾海峡或国际社会，都应该和解休兵。不过，马英九表示，只有台湾在国际上不被孤立，两岸关系才能够向前发展。
星期二早上9点，马英九在总统府内正式宣誓就职：“增进人民福利，保卫国家，无负国民付托，如违誓言，愿受国家严厉之制裁。谨誓，宣誓人马英九。”
宣誓完毕，马英九从立法院长王金平手中接过三个代表国家和总统权力的印玺，也象征了马英九正式从陈水扁手中接掌政权，代表陈水扁主政的结束，马英九时代的来临。
11点，新任总统马英九抵达台北小巨蛋参加就职庆祝典礼，以《人民奋起，台湾新生》为题，发表就职演说。
*承诺清廉政府*
针对台湾内部问题，马英九说，新政府最紧迫的任务，就是带领台湾迎接全球化的挑战。 另外一项重要任务就是导正政治风气，恢复人民对政府的信赖。 他承诺新政府将严格要求官员的清廉与效能，防范金权政治的污染。 除此之外，他承诺要遵守宪法，行使宪法，他认为这比修宪更重要。
另外，他也要让台湾成为国际社会中受人敬重的成员，将以“尊严、自主、务实、灵活”作为处理对外关系与争取国际空间的指导原则。 马英九同时表示，上任后要强化和美国的合作关系。
他说：“台湾要强化和美国这一位安全盟友及贸易夥伴的合作关系；我们也要珍惜邦交国的情谊，信守相互的承诺；我们更要与所有理念相通的国家和衷共济，扩大合作。我们有防卫台湾安全的决心，将编列合理的国防预算，并采购必要的防卫性武器，以打造一支坚实的国防劲旅。”
*九二共识基础上恢复两岸协商*
在众所瞩目的两岸关系问题上，马英九说，追求两岸和平与维持区域稳定是不变的目标。马英九并承诺，将以最符合台湾主流民意的“不统、不独、不武”的理念，在中华民国宪法架构下，维持台湾海峡的现状。马英九敦促两岸在九二共识基础上恢复协商。
他说：“我们1992年，两岸曾经达成‘一中各表’的共识，随后并完成多次协商，促成两岸关系顺利的发展。英九在此重申，我们今后将继续在‘九二共识’的基础上，尽早恢复协商，并秉持4月12日在博鳌论坛中提出的‘正视现实，开创未来；搁置争议，追求双赢’，寻求共同利益的平衡点。”
马英九认为，两岸走向双赢的起点，就是经贸往来与文化交流的全面正常化。他说，7月周末包机直航和开放中国大陆居民到台湾观光，能让两岸关系跨入一个崭新的时代。
*国际上不被孤立两岸才能发展*
不过除了经贸问题之外，马英九也希望两岸就台湾国际空间和两岸和平协议进行协商。
他说：“未来我们也将与大陆就台湾国际空间与两岸和平协议进行协商。台湾要安全、要繁荣、更要尊严。唯有台湾在国际上不被孤立，两岸关系才能够向前发展。”
马英九并呼吁，两岸不论在台湾海峡或国际社会，都应该和解休兵，并在国际组织及活动中相互协助、彼此尊重。他说，两岸人民同属中华民族，本应各尽所能，齐头并进，而不是恶性竞争、虚耗资源。他相信，两岸一定可以找到和平共荣之道。
马英九在就职演说中表示， 两岸问题最终解决的关键不在主权争议，而在生活方式与核心价值。他说，由衷盼望中国大陆能继续走向自由、民主与均富的大道，为两岸关系的长远和平发展，创造双赢的历史条件。
在就职演说中，马英九也特别提到最近发生的四川大地震。他说，希望救灾工作顺利，灾民安置与灾区重建早日完成。
过去，许多观察人士认为身为外省籍的马英九可能无法获得大多数本省人的支持，但是赢得七百多万选票的马英九在就职演说表示对台湾的感念，让现场一万多名听众十分感动，掌声打断他的演说。这个片段也在各大媒体重复播放。
马英九说：“英九虽然不是在台湾出生，但台湾是我成长的故乡，是我亲人埋骨的所在。我尤其感念台湾社会对我这样一个战后新移民的包容之义、栽培之恩与拥抱之情。我义无反顾，别无悬念，只有勇往直前，全力以赴！”
台湾新任总统马英九在就职演说后，回到总统府和副总统萧万长会晤美国、日本、新加坡庆贺团，并和日本庆贺团共进简单的午餐，之后并和来访的斯威士兰国王进行会晤。马英九和萧万长下午搭乘高速铁路前往南部最大城市高雄，参加晚上6点半在高雄汉来饭店举行的就职国宴。国宴结束后，马英九与外宾在高雄真爱码头观赏烟火施放，最后参加就职庆祝茶会，预计将在晚上11点多结束上任第一天的各项庆祝活动。
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