台湾外交部推动与巴布亚新几内亚建交款项疑遭中间人侵吞案延烧到台湾民进党政府高层。和此案相关的行政院、外交部及国防部高层官员相继请辞获准。此前，负责侦办此案的检察单位对这些官员的办公室和住处进行大规模搜索，并带走相关文件及资料。
台湾爆发外交金援丑闻，案情不断扩展，虽然离新旧政权交接不到两个星期，但是民进党政府里已经有多名高层官员因此辞职。被认为是这一案件的主导者，上星期还没有请辞打算的行政院副院长邱义仁星期二召开记者会宣布决定辞职，而辞呈也已经得到行政院长张俊雄的批准。
他向媒体说明他的辞呈内容说：”兹因巴纽建交案，所托非人，造成国家社会重大损失与纷扰，身为政务官自应负起政治责任。第二、现本案既已由检调进行调查，我辞去现职，以利司法程序顺当进行，我也早日厘清案情，还我清白。”
邱义仁表示，虽然距离政权交接没剩几天，此时下台意义不大，他现在已经被列入此案的被告，不适合再担任副院长的职务。
在邱义仁召开记者会后不久，外交部长黄志芳也召开记者会，宣布他向长官请辞，也获得批准。
黄志芳说：“这件事情对国家造成的伤害，本人在此要再度诚挚向全体国人同胞致歉。过去几天，我跟同仁连夜加班，把所有事证整理齐备，让案情早日水落石出。”
黄志芳表示，他相信司法最后一定会还给他本人以及外交部同仁清白。此外，被指称把此案中间人金纪玖和吴思材介绍给邱义仁的国防部副部长柯承亨也在同一天提出辞呈，国防部长蔡明宪也予以准辞。
柯承亨因父亲过世从此案爆发后一直请丧假没有露面，都是通过国防部发表声明。
*检调搜查高官办公室及住所*
在这三名官员请辞获准的同一天早上，负责侦办此案的台北地检署大规模搜索了邱义仁、黄志芳和柯承亨的办公室及住处。台湾媒体报导说，这是司法史上检察单位对行政部门行使强制搜索权，搜索层级创最高记录。据报导，检方带走了三人有关巴布亚新几内亚建交案的公文、文件、资料、手机等。
2006年底，时任国安会秘书长的邱义仁在国防部副部长柯承亨介绍下推荐自称认识巴布亚新几内亚高层人士的吴思材和金纪玖给外交部长黄志芳，金纪玖和吴思材要求台湾外交部把三千万美元汇入两人在新加坡银行的联合帐户，做为建交款项，不过建交未成，金纪玖下落不明，三千万美元公款也疑遭侵吞。
台湾检方已经以侵占公有财务罪拘押吴思材，并正通过各种管道追查金纪玖的下落。
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