台湾国安局长许惠佑星期一在立法院就台湾总统大选之后两岸情势的变化进行了报告，就中国瞄准台湾导弹的问题回答了立委的质询。
台湾在野的国民党立委林郁方星期一在立法院国防委员会质询时指出，根据华盛顿时报的报导，中国瞄准台湾的导弹高达1400枚，但是美国国防部的报告则说只有1000枚左右，日前陈水扁总统又说有1328枚。他质疑，为何各方的说法都不太一样？
对此，国安局长许惠佑在答询时表示，由于各单位在计算短程导弹或是导弹是否搭载长程战略弹头上有所不同，所以才会出现数目上的差异，不过，他强调，国安局和国防部的评估完全一致。
*马英九强调撤出导弹前提*
有关中国导弹威胁的问题，国民党总统当选人马英九不断强调，如果两岸要签署和平协议，前提是中国必须撤除瞄准台湾的导弹，否则就没有签署的可能。
军事连线杂志主编郑继文认为，中国方面应该不会全面撤除对准台湾的导弹，不过倒是有可能冻结有关导弹的数目。他说：“如果要撤除部分的导弹或是全部撤除的话，可能中国要评估政情的发展，做进一步的考量。这一点，就台湾这里的人来看，中国要做出撤导弹的改变，除非台湾在一些实际作为或是政治上的宣誓能满足对方需要的话，才能达到这种效果。”
东华大学原住民民族学院院长施正锋认为，中国方面为了和马英九建立良好的关系，也许会先释出一些善意，其中包括撤除部分导弹。他说：“基本上你也知道，(导弹)撤离沿海，可以重新再往前推。我想，短期内也许释出善意也符合亚洲、东亚的和平稳定。我不知道这个阶段中国是否也会向美国释出善意。”
*许惠佑：中国军队逐渐恢复日常训练*
国安局长许惠佑还指出，在入联、返联公投没有通过之后，目前中国军队已经逐渐恢复日常的训练，空军方面的增援兵力也陆续的归建，但是中国方面仍然认为，3月到5月之间、也就是台湾新总统就职之前，不排除可能出现台独的重大事变。
军事连线杂志主编郑继文认为，陈水扁政府在卸任之前出现台独动作的可能性应该不大：“即便目前的扁政府有心，军方是不是会全然听命于这类的命令，我觉得是颇有问题的。更何况，扁政府目前的运作，我想，美国和大陆应该对于相关运作的状况或是能起的作用，根据他们的情资和研析，应该是蛮有信心的。”
*施正锋：应该不会有大动作*
东华大学原住民民族学院院长施正锋也认为，台湾总统大选的结果，凸显了台独路线的挫败，所以扁政府不得不接受这个事实：“他(陈水扁)可以做的话，早就做了，会留到现在吗？而且这次总统选完，某种程度，应该不会有大动作才对。我不太理解许惠佑为何会这样说，坦白说，我看不出来。”
国安局长许惠佑还指出，中国目前正在动员对台研究的智库，分析台湾选后政局的变化。他说，由于两岸长期处于不信任的状态，加上台湾内部对于两岸问题的看法仍然意见分岐，所以在新总统就职之前，中国方面对台湾将采取听言观行、视情而动的策略。
